<html>
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    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <p>Hi Ahmad,</p>
    <p>I am not sure, if Biopython is able to do this, but Biotite (a
      package, I am currently developing) can handle it.</p>
    <p>If you want to multiple files you can use <i>biotite.database.entrez.fetch()</i>
(<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.biotite-python.org/apidoc/biotite.database.entrez/fetch.html">http://www.biotite-python.org/apidoc/biotite.database.entrez/fetch.html</a>).</p>
    <p>If you want all sequences in a single file you can use <i>biotite.database.entrez.fetch_single_file()</i>
(<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.biotite-python.org/apidoc/biotite.database.entrez/fetch_single_file.html">http://www.biotite-python.org/apidoc/biotite.database.entrez/fetch_single_file.html</a>).</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Example:<br>
    </p>
    <p>import biotite.database.entrez as entrez</p>
    <p>file_name = entrez.fetch_single_file(["M95099"," M95098"],
      "test.fasta", db_name="nuccore", ret_type="fasta")</p>
    <p><br>
    </p>
    <p>Best regards</p>
    <p>Patrick<br>
    </p>
    <p><br>
    </p>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 20.04.2018 13:25, Ahmad Abdelzaher
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"
cite="mid:CAL1o8vMgu7G0YaCgf3HkaSuS84nHfLaZWWd8pgvuorjOVoxVvQ@mail.gmail.com">
      <div dir="ltr">How can I batch download fasta sequences by
        accession number? Is there a Biopython method that can do that?
        Any other suggestions or alternatives? 
        <div><br>
        </div>
        <div>Regards. </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Biopython mailing list  -  <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>