<div dir="ltr">Hi Ahmad,<div><br></div><div>You can use Bio.Seq directly on the PDB file:</div><div><br></div><div><font face="monospace, monospace">from Bio import SeqIO</font></div><div><font face="monospace, monospace">records = SeqIO.parse('1xyz.pdb', 'pdb-atom'):</font></div><div><font face="monospace, monospace">with open('1xyz.fasta', 'w') as handle:</font></div><div><font face="monospace, monospace">    SeqIO.write(records, handle, "fasta")</font></div><div><br></div><div>Not sure if there is a way to couple SeqIO directly to the Bio.PDB code (a method that allows to read the sequence from the SMCRA object), that would be cool to add.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>João</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2018-03-20 12:47 GMT-07:00 Jared Adolf-Bryfogle <span dir="ltr"><<a href="mailto:jadolfbr@gmail.com" target="_blank">jadolfbr@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hey Ahmad,<div><br></div><div>I have a script called get_seq.py in the bio-jade module, which uses BioPython. </div><div><br></div><div>pip install bio-jade. </div><div><br></div><div>The script will be installed to your path and you can use get_seq.py --help for more info. You may need to source your bashrc/profile afterward or open a new terminal to see it. </div><div><br></div><div>If you have any issues, please let me know.  I may need to but out a new version. </div><div><br></div><div><a href="https://bio-jade.readthedocs.io/en/latest/apps_public_api/apps.public.general.html#get-seq-py" target="_blank">https://bio-jade.readthedocs.<wbr>io/en/latest/apps_public_api/<wbr>apps.public.general.html#get-<wbr>seq-py</a><br></div><div><br></div><div><a href="https://github.com/SchiefLab/Jade" target="_blank">https://github.com/SchiefLab/<wbr>Jade</a><br></div><div><br></div><div>-Jared</div><div><br></div><div><br></div><div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Jared Adolf-Bryfogle, Ph.D.</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Research Associate</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Lab of Dr. William Schief</div><div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:12px">The Scripps Research Institute</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Tue, Mar 20, 2018 at 1:42 PM, Ahmad Abdelzaher <span dir="ltr"><<a href="mailto:underoath006@gmail.com" target="_blank">underoath006@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>Can I generate a properly formatted fasta sequence from the atomic coordinates of a pdb file? I sort of know how to code it, but hopefully there's some ready method in one of Biopython's modules that can do that. </div><div><br></div><div>Any other suggestions?</div><div><br></div><div>Regards. </div></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/ma<wbr>ilman/listinfo/biopython</a><br></blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/<wbr>mailman/listinfo/biopython</a><br></blockquote></div><br></div>