<div dir="ltr">Thanks for the replies. Removing the seqres does affects chimera's display of the sequence. I can do it manually for now, but it's obviously a pain. Maybe I can write a python script from scratch and share it with you.<div><br></div><div>Regards.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 20, 2018 at 4:56 AM, Peter Cock <span dir="ltr"><<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Ahmad,<br>
<br>
I am not a protein structure expert, but your plan sounds<br>
sensible (removing part of the sequence both in the SEQRES<br>
header and in the coordinate section).<br>
<br>
Biopython's PDB parsing is very focused on the coordinates<br>
section, with quite limited support for the header part. I've<br>
never tried editing the header myself.<br>
<br>
Not ideal, but if this is one file, you can probably do this by hand?<br>
<br>
Peter<br>
<div><div class="h5"><br>
On Mon, Feb 19, 2018 at 4:35 PM, Ahmad Abdelzaher<br>
<<a href="mailto:underoath006@gmail.com">underoath006@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hello everyone,<br>
><br>
> First I want to explain what I'm doing  to make sure I will accomplish what<br>
> I want to do using what I'm trying to do. My main question, of course, is if<br>
> I can do it using Biopython, and how.<br>
><br>
> I have two structures of Tubulin homologs. One (unmodelled) has the loop<br>
> from Q35 to K60 unmodeled. The loop is still shown when I open the sequence<br>
> in Chimera. The other one has the same loop modelled.<br>
><br>
> Upon inspection of the two pdb's in a text editor, the unmodelled structure<br>
> has a block with a header called "SEQRES". I'm guessing that's where Chimera<br>
> gets the sequence from (see picture)?<br>
><br>
> Now the question, is can I create and add a SEQRES block to the modelled<br>
> structure and then delete the loop coordinates? Would that accomplish what<br>
> I'm trying to do? How can I do it in Biopython?<br>
><br>
> Regards.<br>
><br>
><br>
><br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/<wbr>mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div><br></div>