<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>
<div>
<div>
<div>Installed biopython 1.7 running under anaconda installed python 2.7.14</div>
<div><br>
</div>
<div>The first two failures involve a URL conflict where one has http, and the other has https.</div>
<div><br>
</div>
<div>The last four come from arrays, and the only difference I see is the “expected” have two spaces between each number, and the “actual” have only one space.</div>
<div><br>
</div>
<div>$ cd ../../biopython-1.70/Tests/</div>
<div>$ python run_tests.py</div>
<div>Python version: 2.7.14 |Anaconda, Inc.| (default, Dec  7 2017, 17:05:42) </div>
<div>[GCC 7.2.0]</div>
<div>Operating system: posix linux2</div>
<div>...</div>
<div>Bio.SVDSuperimposer docstring test ... FAIL</div>
<div>FAIL: test_prodoc_html (test_ExPASy.ExPASyOnlineTests)</div>
<div>Traceback (most recent call last):</div>
<div>  File "~/build/biopython-1.70/Tests/test_ExPASy.py", line 51, in test_prodoc_html</div>
<div>    'http://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prodoc-entry?PDOC00001')</div>
<div>AssertionError: 'https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prodoc-entry?PDOC00001' != 'http://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prodoc-entry?PDOC00001'</div>
<div><br>
</div>
<div>FAIL: test_prosite_html (test_ExPASy.ExPASyOnlineTests)</div>
<div>Traceback (most recent call last):</div>
<div>  File "~/build/biopython-1.70/Tests/test_ExPASy.py", line 43, in test_prosite_html</div>
<div>    'http://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prosite-entry?PS00001')</div>
<div>AssertionError: 'https://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prosite-entry?PS00001' != 'http://prosite.expasy.org/cgi-bin/prosite/get-prosite-entry?PS00001'</div>
<div><br>
</div>
<div>FAIL: Record (Bio.Affy.CelFile)</div>
<div>Doctest: Bio.Affy.CelFile.Record</div>
<div>Traceback (most recent call last):</div>
<div>  File "~/anaconda2/lib/python2.7/doctest.py", line 2226, in runTest</div>
<div>    raise self.failureException(self.format_failure(new.getvalue()))</div>
<div>AssertionError: Failed doctest test for Bio.Affy.CelFile.Record</div>
<div>  File "~/build/biopython-1.70/build/lib.linux-x86_64-2.7/Bio/Affy/CelFile.py", line 35, in Record</div>
<div><br>
</div>
<div>File "~/build/biopython-1.70/build/lib.linux-x86_64-2.7/Bio/Affy/CelFile.py", line 46, in Bio.Affy.CelFile.Record</div>
<div>Failed example:</div>
<div>    print(c.intensities)</div>
<div>Expected:</div>
<div>    [[   234.    170.  22177.    164.  22104.]</div>
<div>     [   188.    188.  21871.    168.  21883.]</div>
<div>     [   188.    193.  21455.    198.  21300.]</div>
<div>     [   188.    182.  21438.    188.  20945.]</div>
<div>     [   193.  20370.    174.  20605.    168.]]</div>
<div>Got:</div>
<div>    [[  234.   170. 22177.   164. 22104.]</div>
<div>     [  188.   188. 21871.   168. 21883.]</div>
<div>     [  188.   193. 21455.   198. 21300.]</div>
<div>     [  188.   182. 21438.   188. 20945.]</div>
<div>     [  193. 20370.   174. 20605.   168.]]</div>
<div>File "~/build/biopython-1.70/build/lib.linux-x86_64-2.7/Bio/Affy/CelFile.py", line 52, in Bio.Affy.CelFile.Record</div>
<div>Failed example:</div>
<div>    print(c.stdevs)</div>
<div>Expected:</div>
<div>    [[   24.     34.5  2669.     19.7  3661.2]</div>
<div>     [   29.8    29.8  2795.9    67.9  2792.4]</div>
<div>     [   29.8    88.7  2976.5    62.   2914.5]</div>
<div>     [   29.8    76.2  2759.5    49.2  2762. ]</div>
<div>     [   38.8  2611.8    26.6  2810.7    24.1]]</div>
<div>Got:</div>
<div>    [[  24.    34.5 2669.    19.7 3661.2]</div>
<div>     [  29.8   29.8 2795.9   67.9 2792.4]</div>
<div>     [  29.8   88.7 2976.5   62.  2914.5]</div>
<div>     [  29.8   76.2 2759.5   49.2 2762. ]</div>
<div>     [  38.8 2611.8   26.6 2810.7   24.1]]</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>======================================================================</div>
<div>FAIL: SVDSuperimposer (Bio.SVDSuperimposer)</div>
<div>Doctest: Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer</div>
<div>----------------------------------------------------------------------</div>
<div>Traceback (most recent call last):</div>
<div>  File "~/anaconda2/lib/python2.7/doctest.py", line 2226, in runTest</div>
<div>    raise self.failureException(self.format_failure(new.getvalue()))</div>
<div>AssertionError: Failed doctest test for Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer</div>
<div>  File "~/build/biopython-1.70/build/lib.linux-x86_64-2.7/Bio/SVDSuperimposer/__init__.py", line 24, in SVDSuperimposer</div>
<div><br>
</div>
<div>File "~/build/biopython-1.70/build/lib.linux-x86_64-2.7/Bio/SVDSuperimposer/__init__.py", line 83, in Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer</div>
<div>Failed example:</div>
<div>    print(y_on_x1)</div>
<div>Expected:</div>
<div>    [[  5.17e+01  -1.90e+00   5.01e+01]</div>
<div>     [  5.04e+01  -1.23e+00   5.06e+01]</div>
<div>     [  5.07e+01  -4.16e-02   5.15e+01]</div>
<div>     [  5.02e+01  -1.94e-02   5.29e+01]]</div>
<div>Got:</div>
<div>    [[ 5.17e+01 -1.90e+00  5.01e+01]</div>
<div>     [ 5.04e+01 -1.23e+00  5.06e+01]</div>
<div>     [ 5.07e+01 -4.16e-02  5.15e+01]</div>
<div>     [ 5.02e+01 -1.94e-02  5.29e+01]]</div>
<div><br>
</div>
<div>File "~/build/biopython-1.70/build/lib.linux-x86_64-2.7/Bio/SVDSuperimposer/__init__.py", line 88, in Bio.SVDSuperimposer.SVDSuperimposer</div>
<div>Failed example:</div>
<div>    print(y_on_x2)</div>
<div>Expected:</div>
<div>    [[  5.17e+01  -1.90e+00   5.01e+01]</div>
<div>     [  5.04e+01  -1.23e+00   5.06e+01]</div>
<div>     [  5.07e+01  -4.16e-02   5.15e+01]</div>
<div>     [  5.02e+01  -1.94e-02   5.29e+01]]</div>
<div>Got:</div>
<div>    [[ 5.17e+01 -1.90e+00  5.01e+01]</div>
<div>     [ 5.04e+01 -1.23e+00  5.06e+01]</div>
<div>     [ 5.07e+01 -4.16e-02  5.15e+01]</div>
<div>     [ 5.02e+01 -1.94e-02  5.29e+01]]</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>----------------------------------------------------------------------</div>
<div>Ran 274 tests in 520.026 seconds</div>
<div><br>
</div>
<div>FAILED (failures = 3)</div>
<div><br>
</div>
<div>-- </div>
<div>Gregory Dougherty</div>
<div>Sr. Analyst/Programmer</div>
<div>Information Technology</div>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
</div>
</body>
</html>