<div dir="ltr">Also, an idea that I had in mind for a while is to add some sequence analysis functionality, coupled to the Alignment class. For instance, I've worked with alignments that I needed redundancy removed from, or column-specific analysis like conservation, variability, coverage (# of gaps), etc. I wrote some functions here and there but maybe there are others with the same need that would like to see this implemented? I thought also we could integrate this with Bio.Graphics and have some graphical representation of alignments too, for these properties we would calculate. Just putting out there for others to comment/criticize.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2018-01-17 12:44 GMT+02:00 João Rodrigues <span dir="ltr"><<a href="mailto:j.p.g.l.m.rodrigues@gmail.com" target="_blank">j.p.g.l.m.rodrigues@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Sourav,<div><br></div><div>I'd keep the discussion on the list so others can give some input too :) </div><div><br></div><div>Ah, secondary structures, I was thinking about tertiary! What kind of analysis would you have in mind? Do you have a paper (or your own example) or so where people do analysis you would like to add? Adding to this, would it be interesting to combine this with 3D structures of RNA, to for example, compare predicted secondary structures with 3D models?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>João</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2018-01-17 12:34 GMT+02:00 Sourav Singh <span dir="ltr"><<a href="mailto:ssouravsingh12@gmail.com" target="_blank">ssouravsingh12@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<div><br></div><div>I was thinking along the lines of integrating ViennaRNA's RNAfold or other similar modules into Biopython for the parsing and analysis of secondary structure of RNA's- Dot-bracket, Extended Dot-Bracket, WUSS format. I am not sure if this is already available as a feature in Biopython but I believe this should be a good feature to add if it is not available.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Sourav<br></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>