
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;" dir="ltr">

<p>Thanks to Jocelyne for pointing me in the right direction. The answer is to use the 'rettype="gbwithparts"' instead of just "gb". This will then retrieve the whole record.</p>

<p><br>

</p>

<p>It would be worth noting this in the Biopython example.</p>

<p><br>

</p>

<p>..d</p>

<p><br>

</p>

<div id="Signature">

<div id="divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif, EmojiFont, "Apple Color Emoji", "Segoe UI Emoji", NotoColorEmoji, "Segoe UI Symbol", "Android Emoji", EmojiSymbols;">

<div name="divtagdefaultwrapper" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:; margin:0">

<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">

<div style="font-family:Tahoma; font-size:13px">Dr David Martin<br>

Senior Lecturer in Bioinformatics<br>

College of Life Sciences<br>

University of Dundee<br>

<br>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

<br>

<br>

<div style="color: rgb(0, 0, 0);">

<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">

<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" color="#000000" style="font-size:11pt"><b>From:</b> Steve Bond <biologyguy@gmail.com><br>

<b>Sent:</b> 04 October 2017 01:03<br>

<b>To:</b> biopython@lists.open-bio.org; David Martin (Staff)<br>

<b>Subject:</b> Re: [Biopython] Issues parsing genbank files</font>

<div> </div>

</div>

<div>

<div dir="ltr">

<div>Hi David,</div>

<div>This is definitely an issue on NCBI's side. For some reason, trying to pull the entire record is causing an error, but you can get the entire record minus one residue:</div>

<div><br>

</div>

<a href="https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=NC_003197.2&seq_start=1&seq_stop=4857449&rettype=gb&retmode=text" id="LPlnk659626" previewremoved="true">https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=NC_003197.2&seq_start=1&seq_stop=4857449&rettype=gb&retmode=text</a><br>

<div><br>

</div>

<div>It's not restricted to your record either, it seems like anything large is causing the issue. Anyway, your work around is to use the seq_stop keyword and ask for one fewer residue than the length of the record.</div>

<div>Maybe you want to let the folks at Entrez know?</div>

<div>-Steve</div>

<div><br>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>