<div dir="ltr"><div dir="auto">FYI, I ran into the same issue and had to have try catch with a timeout on the request. I think Nabeel's explanation should cover it. Note that catching request timeout exceptions in python 2 is a bit of a pain... <br><br><div data-smartmail="gmail_signature">--sent from my not-so-new-yet-still-awesome galaxy note edge</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Jul 26, 2017 11:50, "Peter Cock" <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Pej.<br>
<br>
Hmm. Maybe setting the timeout is not going to solve your<br>
problem. I was hoping that would be a neat solution.<br>
<br>
Can you show us the stack trace when you had to stop a job<br>
please?<br>
<br>
I assume you are using control+c to do this, in which case<br>
Python ought to stop with the exception KeyboardInterrupt.<br>
What I am interested in here is where in the code Python<br>
is getting stuck. That would be a good clue.<br>
<br>
Peter<br>
<br>
On Wed, Jul 26, 2017 at 2:47 PM, Pejvak Moghimi<br>
<<a href="mailto:pejvak.moghimi@york.ac.uk" target="_blank">pejvak.moghimi@york.ac.uk</a>> wrote:<br>
> Hi Peter,<br>
><br>
> That solution, so far, does not seem to have worked nor with 10 neither with<br>
> 30 second options.<br>
><br>
> Cheers,<br>
> Pej.<br>
><br>
> On 26 July 2017 at 13:29, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> I am hoping that putting this near the start of your script will<br>
>> apply the default timeout to all your BLAST calls (or other<br>
>> network calls, e.g. NCBI Entrez):<br>
>><br>
>> import socket<br>
>> socket.setdefaulttimeout(30)  # timeout in seconds<br>
>><br>
>> Peter<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/ma<wbr>ilman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div></div>
</div>