<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Hi all,</span><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I'm working on a script to to do blast using the ncbiWWW module, but very often one query sequence takes way too long, if at all, to return with results. This is always, in my experience, immediately solved if I just stop the script and re-run it (for the same query sequence); I get the results as quickly as I did for the other query sequences.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I think this hints that this is something to do with ncbi servers. So, in order to tackle it, I need to simply modify my while loop to stop and re-run the "ncbiwww.qblast(..." line, if it takes longer than a reasonable length of time (I do understand shorter than a certain waiting-time would not be allowed by ncbi).</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I have no idea how to tackle this, except by either multithreading (not so sure how to go on about this though) or changing the qblast script (locally of course).</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I would really appreciate any help. Please do let me know if you would like to have a look at the script.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Cheers,</div><div style="font-size:12.8px">Pej.</div></div>