<div dir="ltr"><div dir="auto">I am willing (and available, now that I've finished my PhD!) to work on getting the code into the main branch. The main barrier is that I am not familiar with the finer details of sequence coordinates, so I would benefit from guidance from a sequence expert for adding missing functionality.</div><div dir="auto"><br></div><div>Lenna</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Jul 10, 2017 11:14 AM, "Peter Cock" <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hopefully Lenna might be willing to take on that role?<br>
<br>
Peter<br>
<br>
On Mon, Jul 10, 2017 at 3:24 PM, Michiel de Hoon <<a href="mailto:mjldehoon@yahoo.com" target="_blank">mjldehoon@yahoo.com</a>> wrote:<br>
> Thanks everybody for your replies. I think Lenna's code would work best, and<br>
> I agree with Peter that it would be good to have this functionality included<br>
> in Biopython.<br>
> I could get Lenna's code to work with transcript positions (i.e.<br>
> cmap.c2g(position)), but as far as I can tell it currently does not handle<br>
> ranges, i.e. cmap.c2g([start, end]), which gets tricky if the range spans an<br>
> exon-exon boundary.<br>
> Her code looks well-written, with plenty of test cases, however I feel that<br>
> the module would need a dedicated maintainer for it to be viable long-term<br>
> in Biopython.<br>
><br>
> Thanks again,<br>
> -Michiel<br>
><br>
><br>
> On Thursday, July 6, 2017 7:22 PM, Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>><br>
> wrote:<br>
><br>
><br>
> Hi all,<br>
><br>
> A while back Lenna submitted a pull request which should be of interest:<br>
><br>
> <a href="https://github.com/biopython/biopython/pull/309" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/biopython/b<wbr>iopython/pull/309</a><br>
><br>
> Documentation:<br>
><br>
> <a href="http://biopython.org/wiki/Coordinate_mapping" rel="noreferrer" target="_blank">http://biopython.org/wiki/Coor<wbr>dinate_mapping</a><br>
><br>
> Example:<br>
><br>
> <a href="https://gist.github.com/lennax/10600113" rel="noreferrer" target="_blank">https://gist.github.com/lennax<wbr>/10600113</a><br>
><br>
> Having a fresh set of eyes on this would be great, as there does<br>
> seem to be enough interest to finish this and get it added to<br>
> Biopython.<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
> Peter<br>
><br>
> On Thu, Jul 6, 2017 at 10:42 AM, Gerard Schaafsma<br>
> <<a href="mailto:gerard.schaafsma@med.lu.se" target="_blank">gerard.schaafsma@med.lu.se</a>> wrote:<br>
>> Hi,<br>
>><br>
>> Did you have a look at <a href="https://mutalyzer.nl" rel="noreferrer" target="_blank">https://mutalyzer.nl</a> ? There is a position<br>
>> converter<br>
>> in there.<br>
>><br>
>> Best,<br>
>><br>
>> Gerard<br>
>><br>
>><br>
>> On 05/07/17 12:04, Michiel de Hoon wrote:<br>
>><br>
>> Dear all,<br>
>><br>
>> Does anybody have some code to convert transcript coordinates to genome<br>
>> coordinates?<br>
>> I have the position of a nucleotide along a transcript, and the genome<br>
>> coordinates of the start and end of each exon in the transcript, and I<br>
>> would<br>
>> like to find the position of the nucleotide in genome coordinates.<br>
>> Ideally, I am looking for some code that can find the genome coordinates<br>
>> of<br>
>> a sequence of nucleotides.<br>
>> For example, if these are the exons:<br>
>> exon1  10000 10030<br>
>> exon2  10050 10080<br>
>> and a nucleotide sequence starting at position 20 and ending at position<br>
>> 50<br>
>> in transcript coordinates,<br>
>> then I am looking for the genome coordinates (10020,10030), (10050,10070).<br>
>><br>
>> Thanks,<br>
>> -Michiel<br>
>><br>
>><br>
>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>> Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
>> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/ma<wbr>ilman/listinfo/biopython</a><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> Gerard C.P. Schaafsma<br>
>> Protein Structure and Bioinformatics Group<br>
>> Dept. of Experimental Medical Science<br>
>> Lund University<br>
>> BMC B13, Hs 66<br>
>> 221 84 Lund<br>
>> Sweden<br>
><br>
>><br>
>><br>
>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>> Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
>> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/ma<wbr>ilman/listinfo/biopython</a><br>
> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/ma<wbr>ilman/listinfo/biopython</a><br>
><br>
><br>
</blockquote></div></div>
</div>