<div dir="ltr"><div><br></div><div>>>> from Bio.Seq import Seq</div><div>>>> import Bio.Alphabet</div><div>>>> seq = Seq('CCGGGTT', Bio.Alphabet.IUPAC.unambiguous_dna)</div><div>>>> seq.translate()<br></div><div>/home/sbassi/projects/venvs/biopy169/lib/python3.5/site-packages/Bio/Seq.py:2095: BiopythonWarning: Partial codon, len(sequence) not a multiple of three. Explicitly trim the sequence or add trailing N before translation. This may become an error in future.</div><div>  BiopythonWarning)</div><div>Seq('PG', IUPACProtein())</div><div><br></div><div>So I added two Ns to make if multiple of three. But I got this and I don't know if this is the intended behavior or not:</div><div><br></div><div>>>> seq = Seq('CCGGGTTNN', Bio.Alphabet.IUPAC.unambiguous_dna)</div><div>>>> seq.translate()</div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File "/home/sbassi/projects/venvs/biopy169/lib/python3.5/site-packages/Bio/Seq.py", line 2107, in _translate_str</div><div>    amino_acids.append(forward_table[codon])</div><div>KeyError: 'TNN'</div><div><br></div><div>During handling of the above exception, another exception occurred:</div><div><br></div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File "<stdin>", line 1, in <module></div><div>  File "/home/sbassi/projects/venvs/biopy169/lib/python3.5/site-packages/Bio/Seq.py", line 1038, in translate</div><div>    cds, gap=gap)</div><div>  File "/home/sbassi/projects/venvs/biopy169/lib/python3.5/site-packages/Bio/Seq.py", line 2124, in _translate_str</div><div>    "Codon '{0}' is invalid".format(codon))</div><div>Bio.Data.CodonTable.TranslationError: Codon 'TNN' is invalid</div><div><br></div><div><br></div><div>I was expecting to have X as an unknown amino-acid, according to this note in the docstring:</div><br>NOTE - Ambiguous codons like "TAN" or "NNN" could be an amino acid<br>or a stop codon. These are translated as "X". Any invalid codon<br>(e.g. "TA?" or "T-A") will throw a TranslationError.<div><br></div><div><br></div>
</div>