
<html><head></head><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:10px"><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1495182547096_10371">Dear all,</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1495182547096_12182"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1495182547096_15622">Is there some easy way to convert a Bio.Align.MultipleSeqAlignment object into a Bio.SearchIO.QueryResult ?</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1495182547096_15614">The reason I'm asking is that I am trying to convert a pairwise sequence alignment in Fasta format into PSL format.<br></div><div dir="ltr" id="yui_3_16_0_ym19_1_1495182547096_15672">I am hoping to read the Fasta file with Bio.AlignIO, then convert the Bio.Align.MultipleSeqAlignment object into a Bio.SearchIO.QueryResult object, and write it out as PSL using Bio.SearchIO. </div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1495182547096_15713" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1495182547096_15714" dir="ltr">Thanks,</div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1495182547096_15715" dir="ltr"><br></div><div id="yui_3_16_0_ym19_1_1495182547096_15716" dir="ltr">-Michiel<br></div></div></body></html>