<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">Am 27.04.2017 um 04:11 schrieb 李团:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CABSkg=2dyDZ4YV=1metm9+TnyoZxFkHqq1eLGF2YdhO2kbA_Jg@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="auto">I use pairwise localds to align two sequences, and
        want to get aligned subsequences, but the result returns fully
        aligned sequences. How can I get only aligned subsequences? </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    Not directly from pairwise2, but you can extract the relevant data
    from the alignment result.<br>
    <br>
    The alignment results is a list of all alignments with the same
    maximum score with the following structure:<br>
    <br>
        [(aligned_seq1, aligned_seq2, score, start_of_alignment,
    end_of_alignment), (....)]<br>
    <br>
    Unfortunately, also for local alignments, pairwise2 will always
    return the full sequences, even if the beginning and/or end has not
    been used for the alignment. But you can use start_of_alignment,
    end_of_alignment to shorten your sequence like:<br>
    <br>
    >>> aligned_seq1, aligned_seq2, score, start, end =
    your_alignment[0]<br>
    >>> seq1_aligned_part = aligned_seq1[start:end]<br>
    >>> seq2_aligned_part = aligned_seq2[start:end]<br>
    <br>
    Markus<br>
  </body>
</html>