<div dir="ltr">Hi Ahmad,<div><br></div><div>DSSP, NACCESS, and MSMS are three very different programs that give accessibility. NACCESS gives you per-atom and per-residue absolute and relative accessibilities, which are very useful in some applications. DSSP gives you absolute accessibilities per residue. MSMS gives you a solvent exposure metric (in a way). </div><div><br></div><div>Relative means exactly that, it will divide whatever value you get from DSSP by a standard value for each residue. You have three different scales to choose from to normalize the values, whose papers are reference in the documentation so you should look them up and see what exactly they refer too and how those standard values were calculated.</div><div><br></div>If you want just the SASA, without any modification, just access the values that the DSSP dictionary returns. If you want the relative accessibility, access the key 'EXP_DSSP_RASA'.<div><br></div><div>NACCESS works only on Linux yes. But you have FREESASA, which should work on Windows with a bit of effort, is actively maintained, and has the same scale/references as NACCESS so it gives the same results (0.99 correlation).</div></div>