<div dir="ltr">Hi Ahmad,<div><br></div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">I was really happy that I found out about is_aa, however, I just found out that it returns false positives on a lot of modified residues like S-NITROSO-CYSTEINE (SCN) and a few others. <div><br></div><div>Is it supposed to do that? Is there another method for standard amino acids only?</div></div></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>It is supposed to do that yes, but you can use is_aa(residue, standard=True) to check only for the 20 canonical amino acids. The default behaviour (standard=False) checks against a list of residues from SCOP that include modifications.</div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Also sorry to hijack my own thread, but I was trying to sample some random structures with certain constraints using the PDB's advanced search. I specifically chose no ligands or modified residues, yet  I still get those in my structures, any idea why?<br></div></div></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>If this is related to the RCSB PDB Advanced Search, you should ask them :) But check their definition of ligand and/or modified amino acids:</div><div><br></div><div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">Searches for structures that have chemical components which are not part of a polymeric entity (ligands)<br>Ligands represent small molecules, carbohydrates, ions, solvents, etc. that are not part of a polymer</blockquote><div><br></div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex" class="gmail_quote">Searches for structures that have modified residues.<br><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:"helvetica neue",helvetica,arial,sans-serif;font-size:14px">Modified residues are non-standard polymeric components (i.e. non-standard amino-acids in a protein or non-standard nucleotides in a nucleic acid)</span> </blockquote></div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Finally, noob question, is_aa doesn't work unless I do "from Bio.PDB.Polypeptide import is_aa" or "from Bio.PDB.Polypeptide import *", but doesn't work if I do "from Bio.PDB import Polypeptide", doesn't the class come with all its methods? </div></div></blockquote><div><br></div><div>What is confusing you is that the Polypeptide *module* has a Polypeptide *class*. The is_aa method is not part of any class actually, just of the module. However, it does work for me if I do 'from Bio.PDB import Polypeptide', I just have to do Polypeptide.is_aa afterwards (instead of directly is_aa).</div><div><br></div></div></div></div>