<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I know I can get residue names like this:<br></div><div><br></div><div>name = '1gdw.pdb'<br></div><div><div>structure=p.get_structure(name, name)</div><div>residue_name = []</div><div>for model in structure:</div><div>    for chain in model:</div><div>        for i in <b>residue_number</b>:</div><div>                residue_name.append(chain[i].resname)</div></div><div><br></div><div>However, I don't know of a way to get a list of <b>residue_number,</b> so I use Pymol to do it! <br><br></div><div>import __main__</div><div>__main__.pymol_argv = ['pymol','-qc']</div><div>import pymol</div><div>from pymol import cmd, stored</div><div>pymol.finish_launching()</div><div>cmd.delete('all')</div><div>cmd.load(name)</div><div>stored.residues = []</div><div>cmd.iterate('name ca', 'stored.residues.append(resi)')</div><div>residue_number = [ int(x) for x in stored.residues ]</div><div><br></div><div>What is the biopython way of getting the residue numbers? </div><div><br></div></div>