<div dir="ltr">Thank you for your reply. Although I'm not sure how it works because I just downloaded it for the first time, I looked it up briefly and found some commands here that I ran successfully below.<br><br><a href="http://mgl.scripps.edu/people/sanner/html/msms_man.html">http://mgl.scripps.edu/people/sanner/html/msms_man.html</a><br><br>As you can see, it's version  2.6.1 and looks like it runs normally. I would appreciate if you told me how to generate a .xyzr from a .pdb though.<div><br></div><div>Regards.<br><br><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">C:\Users\Ahmad\Documents\Spyder\Senior Project\Senior 2\RD>msms -if 1crn.xyzr -d<br>e 3.0 -prob 1.4 -of myset<br>MSMS 2.6.1 started on Local PC<br>Copyright M.F. Sanner (1994)<br>Compilation flags<br>INPUT  1crn.xyzr 327 spheres 0 collision only, radii  1.400 to  2.000<br>PARAM  Probe_radius  1.400 density  3.000 hdensity  3.000<br>ANALYTICAL SURFACE AREA :<br>    Comp. probe_radius,   reent,    toric,   contact    SES       SAS<br>      0       1.400     459.878   904.748   977.802  2342.427  3030.759<br>NUMERICAL VOLUMES AND AREA<br>    Comp. probe_radius SES_volume SES_area)<br>       0      1.40     5150.775   2306.089<br>    Total ses_volume:  5150.775<br>MSMS terminated normally<br>C:\Users\Ahmad\Documents\Spyder\Senior Project\Senior 2\RD></blockquote></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Apr 8, 2017 at 7:55 PM, João Rodrigues <span dir="ltr"><<a href="mailto:j.p.g.l.m.rodrigues@gmail.com" target="_blank">j.p.g.l.m.rodrigues@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Ahmad,<div><br></div><div>What version of msms are you using? Can you run the program outside of Biopython to obtain the surface file?</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>João</div></div>
</blockquote></div><br></div>