<div dir="ltr"><div>Thank you all for you comments, The idea behind my work is, that I'm trying to used blast to align many pairs of sequences by using blast NCBI not EMBOSS or Pairwise2, therefore I need to pass these sequences on the fly instead of writing fasta file in H.D.<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Mar 11, 2017 at 5:05 AM, Jan T Kim <span dir="ltr"><<a href="mailto:jttkim@googlemail.com" target="_blank">jttkim@googlemail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi All,<br>
<br>
after a quick look at this matter I'm rather puzzled by what the purpose<br>
of all this is. Do you want to align the first sequence to the second<br>
sequence? Then, doing that via NCBI BLAST is a really weird way of<br>
achieving this, my suggestions would be to (1) consider using a pairwise<br>
alignment program and (2) run the alignment locally on your computer --<br>
e.g. install EMBOSS, then you can use BioPython's EMBOSS command line<br>
adapters.<br>
<br>
Or do you want to scan some NCBI database (non-redundant nucleotide or<br>
protein, typically) using both sequences? That's not what that script does,<br>
as far as I can tell, though.<br>
<br>
Best regards, Jan<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
On Fri, Mar 10, 2017 at 05:15:33PM +0000, Peter Cock wrote:<br>
> Good idea Lenna, but that only works within Python. Here we need to provide<br>
> the FASTA format sequence data to NCBI BLAST.<br>
><br>
> If there was only one input file involved, Islam might be able to pipe that to<br>
> BLAST using stdin. However, there there are two input files so I don't see<br>
> any easy way to do this other than two temporary files.<br>
><br>
> Peter<br>
><br>
> On Thu, Mar 9, 2017 at 11:38 PM, Lenna Peterson<br>
> <<a href="mailto:lenna.peterson@gmail.com">lenna.peterson@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > Hi Islam,<br>
> ><br>
> > If you need to avoid writing the sequence to disk for whatever reason, you<br>
> > could create an in-memory file using StringIO:<br>
> > <a href="https://docs.python.org/2/library/stringio.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://docs.python.org/2/<wbr>library/stringio.html</a><br>
> ><br>
> > Lenna<br>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/<wbr>mailman/listinfo/biopython</a><br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/<wbr>mailman/listinfo/biopython</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><span>Best Regards,<br>Islam Amin.<br><br><a href="http://www.egyptscience.net/" rel="nofollow nofollow" target="_blank">www.egyptscience.net</a><br></span><div>Scientific Research Group in EGYPT</div></div></div>
</div>