<div dir="ltr">Perhaps write the paper as a general software note  and provide the reader with Jupyter notebooks to run the scripts? </div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 19, 2017 at 5:36 PM, Damian Menning <span dir="ltr"><<a href="mailto:dmenning@mail.usf.edu" target="_blank">dmenning@mail.usf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello everyone,<div><br></div><div>  I just started writing a paper to describe the usage of Python/Biopython scripts I wrote to design primers and custom databases specific to groups of fish.  I don't want it to be written like a manual but I do want to explain the process so that others can use the scripts and repeat the process on their own organisms.  My problem is I have never written a paper like this and am having a hard time finding papers to use as a general guide.  If anyone has any suggestions on papers I could use as a general guide I would appreciate it.</div><div><br></div><div>  Thank you</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>  Damian<br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_7315928301137859129gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Damian Menning, Ph.D.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">"There are two types of academics. Those who use the Oxford comma, those who don't and those who should."</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Standard comma - You know Bob, Sue and Greg? They came to my house.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Oxford comma - </font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">You know Bob, Sue, and Greg? They came to my house.</span></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Walken Comma - </span><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">You know, Bob, Sue, and Greg? They came, to my house.</span></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Shatner comma - </span><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">You, know, Bob, Sue, and Greg? They, came, to my house.</span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></font></span></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/<wbr>mailman/listinfo/biopython</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">Iddo Friedberg<br><a href="http://iddo-friedberg.net/contact.html" target="_blank">http://iddo-friedberg.net/contact.html</a><br>++++++++++[>+++>++++++>++++++++>++++++++++>+++++++++++<<<<<-]>>>>++++.><br>++++++..----.<<<<++++++++++++++++++++++++++++.-----------..>>>+.-----.<br>.>-.<<<<--.>>>++.>+++.<+++.----.-.<++++++++++++++++++.>+.>.<++.<<<+.>><br>>>----.<--.>++++++.<<<<------------------------------------.<br></div>
</div>