<div dir="ltr">Hi<div><br></div><div>I am trying to write a program to superimpose multiple structures to a reference structure.For this, is it possible to pass the list of atoms to be aligned (ref atoms and sample atoms) using the Select subclassing. I am already using it to store the PDB files of CA atoms that I am using to align in the following way.</div><div><div>class CA_select(Select):</div><div>    def accept_atom(self,atom):</div><div>        if atom.get_id()=='CA' and (atom.get_parent().get_id()[1] in res_to_be_aligned):</div><div>            print('accept')</div><div>            return 1</div><div>        else:</div><div>            return 0</div><div><br></div><div>#Get reference structure coordinates</div><div>ref_str=parser.get_structure(ref_str_file[:-4],ref_str_file)</div><div>ref_model=ref_str[0]</div><div>io.set_structure(ref_str)</div><div>io.save('ref_structure.pdb',CA_select())</div></div><div><br></div><div>If this can be used to pass the atoms directly to Superimposer then I wont have to iterate through the structure to accumulate the atoms. </div><div><br></div><div>Thank you</div><div><br></div><div>Best Regards</div><div>Ashutosh</div></div>