Dear all,<br>I am using biopython with the module of Bio.Phylo.PAML to parse result information obtained by baseml program. in the default result file of mlb I can see two parameters of ntime and np in the line of lnL like following:<br>lnL(ntime:  7  np: 13):  -1900.632719    +0.000000<br><br>When running codeml  for positive selection with branch-site model I know I need to use the values of np of different models to calculate the freedom of chi square distribution. So I think the np value are also useful in baseml. But in the baseml.Baseml() method, these two value are not included. I check the website of http://biopython.org/wiki/PAML and failed to find these information.<br>So my question is: 1) whether these two parameters of np and ntime are useful in calculating the p value with chi-square distribution, and 2) how to get these informtaion in the baseml.Baseml() methods.<br><br>Best wishes,<br><br>Qi WU<br><br><br><span></span><br><br><br>