<div dir="ltr">Thanks Peter! My pleasure to give back in little ways.</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, Oct 7, 2016 at 1:21 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Eric,<br class="gmail_msg">
<br class="gmail_msg">
About the numbering, I don't know - it is surely in the documentation<br class="gmail_msg">
somewhere, but you can probably work it out by comparing the graph<br class="gmail_msg">
you've made (or a tool like Chromas) against the called sequence.<br class="gmail_msg">
<br class="gmail_msg">
Thanks for looking into writing this example up for our website :)<br class="gmail_msg">
<br class="gmail_msg">
Peter<br class="gmail_msg">
<br class="gmail_msg">
On Fri, Oct 7, 2016 at 6:15 PM, Eric Ma <<a href="mailto:ericmajinglong@gmail.com" class="gmail_msg" target="_blank">ericmajinglong@gmail.com</a>> wrote:<br class="gmail_msg">
> Working on a contribution right now!<br class="gmail_msg">
> <a href="https://github.com/ericmjl/biopython.github.io" rel="noreferrer" class="gmail_msg" target="_blank">https://github.com/ericmjl/biopython.github.io</a><br class="gmail_msg">
><br class="gmail_msg">
> By the way, I was wondering if it's possible to know what letter each data<br class="gmail_msg">
> channel corresponds to? It isn't clear from the ABI documentation whether it<br class="gmail_msg">
> is 9-A, 10-T, 11-G, 12-C or something else.<br class="gmail_msg">
><br class="gmail_msg">
> On Fri, Oct 7, 2016 at 12:36 PM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" class="gmail_msg" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>><br class="gmail_msg">
> wrote:<br class="gmail_msg">
>><br class="gmail_msg">
>> Great - glad to know that worked as expected.<br class="gmail_msg">
>><br class="gmail_msg">
>> If you would like to share the script, that would be great?<br class="gmail_msg">
>><br class="gmail_msg">
>> It might fit nicely under the website cookbook section,<br class="gmail_msg">
>> <a href="http://biopython.org/wiki/Category:Cookbook" rel="noreferrer" class="gmail_msg" target="_blank">http://biopython.org/wiki/Category:Cookbook</a> - this used<br class="gmail_msg">
>> to be a wiki which was probably easier to add to, but it<br class="gmail_msg">
>> is now on GitHub.<br class="gmail_msg">
>><br class="gmail_msg">
>> Thanks,<br class="gmail_msg">
>><br class="gmail_msg">
>> Peter<br class="gmail_msg">
>><br class="gmail_msg">
>> On Fri, Oct 7, 2016 at 5:22 PM, Eric Ma <<a href="mailto:ericmajinglong@gmail.com" class="gmail_msg" target="_blank">ericmajinglong@gmail.com</a>> wrote:<br class="gmail_msg">
>> > Thank you, Peter! It worked like a charm, managed to get all 4 channels<br class="gmail_msg">
>> > out.<br class="gmail_msg">
>> ><br class="gmail_msg">
>> > I also read the documentation a bit further: DATA9-DATA12 contain the<br class="gmail_msg">
>> > values<br class="gmail_msg">
>> > that are conventionally displayed. I was able to use that to make a<br class="gmail_msg">
>> > simple<br class="gmail_msg">
>> > matplotlib line plot on my own.<br class="gmail_msg">
>> ><br class="gmail_msg">
>> > On Fri, Oct 7, 2016 at 11:11 AM Peter Cock <<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" class="gmail_msg" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>><br class="gmail_msg">
>> > wrote:<br class="gmail_msg">
>> >><br class="gmail_msg">
>> >> Hi Eric,<br class="gmail_msg">
>> >><br class="gmail_msg">
>> >> I think you want the raw DATA1, DATA2, DATA3 and DATA4 values (for the<br class="gmail_msg">
>> >> four bases) which are exposed via the Biopython ABI parser, e.g.<br class="gmail_msg">
>> >><br class="gmail_msg">
>> >> from Bio import SeqIO<br class="gmail_msg">
>> >> record = SeqIO.read("310.ab1", "abi")<br class="gmail_msg">
>> >> print(record.annotations['abif_raw']['DATA1'])<br class="gmail_msg">
>> >><br class="gmail_msg">
>> >> See also<br class="gmail_msg">
>> >><br class="gmail_msg">
>> >> <a href="http://www.appliedbiosystem.com/support/software_community/ABIF_File_Format.pdf" rel="noreferrer" class="gmail_msg" target="_blank">http://www.appliedbiosystem.com/support/software_community/ABIF_File_Format.pdf</a><br class="gmail_msg">
>> >><br class="gmail_msg">
>> >> Peter<br class="gmail_msg">
>> >><br class="gmail_msg">
>> >> On Fri, Oct 7, 2016 at 3:06 PM, Eric Ma <<a href="mailto:ericmajinglong@gmail.com" class="gmail_msg" target="_blank">ericmajinglong@gmail.com</a>><br class="gmail_msg">
>> >> wrote:<br class="gmail_msg">
>> >> > I'd like to view the ABI peak values that are used for drawing<br class="gmail_msg">
>> >> > chromatograms, but I'm not quite sure how to do this using the<br class="gmail_msg">
>> >> > BioPython<br class="gmail_msg">
>> >> > API. I've searched on the AbiIO documentation, and peeked at the<br class="gmail_msg">
>> >> > source<br class="gmail_msg">
>> >> > code, but still could not see how to do this. Is it possible?<br class="gmail_msg">
>> >> ><br class="gmail_msg">
>> >> > I've already tried hunting around on the internet, but the closest I<br class="gmail_msg">
>> >> > could<br class="gmail_msg">
>> >> > find for an answer was:<br class="gmail_msg">
>> >> ><br class="gmail_msg">
>> >> ><br class="gmail_msg">
>> >> > <a href="http://biology.stackexchange.com/questions/35852/view-abi-chromatogram-plots-with-python" rel="noreferrer" class="gmail_msg" target="_blank">http://biology.stackexchange.com/questions/35852/view-abi-chromatogram-plots-with-python</a>,<br class="gmail_msg">
>> >> > in which Peter mentioned that the chromatogram data should be exposed<br class="gmail_msg">
>> >> > in<br class="gmail_msg">
>> >> > 1.66.<br class="gmail_msg">
>> >> ><br class="gmail_msg">
>> >> > _______________________________________________<br class="gmail_msg">
>> >> > Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" class="gmail_msg" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br class="gmail_msg">
>> >> > <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" class="gmail_msg" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br class="gmail_msg">
</blockquote></div>