<div dir="ltr">Hello everyone,<div><br></div><div>  I am running a Python 2.7 script that has worked in the past but now is throwing an error.  I am wondering if there has been a change recently that may be causing the problem.</div><div><br></div><div>  My script searches NCBI using each Genus species name for a list (species), a general category like bony fish (cat), and a search term like 16S (add_term) and returns a list of non-replicated ids.  The script is below:</div><div><br></div><div><div>def ncbi_search(species_list):</div><div>    global full_gi_list</div><div>    print "\nSearching NCBI for"+str(species)+' and '+str(add_term)+' and '+str(cat)+'\n'</div><div>    search_handle=Entrez.esearch(db="nucleotide", term=cat + ' AND ' + add_term + ' AND ' + species, usehistory="y", RetMax=9999)</div><div>    search_results=Entrez.read(search_handle)</div><div>    search_handle.close()</div><div>    gi_list=search_results["IdList"]</div><div>    full_gi_list.extend(gi_list)</div><div>    return full_gi_list</div><div><br></div><div><div>    for species in species_list:</div><div>        ncbi_search(species_list)</div></div><div><br></div><div>The error I am getting is:</div><div><br></div><div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File "D:\Python27\0 eDNA\02_GenBank_get_fasta_or_gb_no_repeats_1_search_criter</div><div>ia.py", line 98, in <module></div><div>    ncbi_search(species_list)</div><div>  File "D:\Python27\0 eDNA\02_GenBank_get_fasta_or_gb_no_repeats_1_search_criter</div><div>ia.py", line 49, in ncbi_search</div><div>    search_results = Entrez.read(search_handle)</div><div>  File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Entrez\__init__.py", line 376, in read</div><div><br></div><div>    record = handler.read(handle)</div><div>  File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Entrez\Parser.py", line 205, in read</div><div>    self.parser.ParseFile(handle)</div><div>  File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Entrez\Parser.py", line 343, in endEle</div><div>mentHandler</div><div>    raise RuntimeError(value)</div><div>RuntimeError: Invalid db name specified: nuccore</div></div><div><br></div><div>  Any ideas on what is going wrong?</div><div><br></div><div>  Thanks for the help</div><div><br></div><div>  Damian</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Damian Menning, Ph.D.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">"There are two types of academics. Those who use the Oxford comma, those who don't and those who should."</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Standard comma - You know Bob, Sue and Greg? They came to my house.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="2">Oxford comma - </font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">You know Bob, Sue, and Greg? They came to my house.</span></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Walken Comma - </span><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">You know, Bob, Sue, and Greg? They came, to my house.</span></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Shatner comma - </span><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">You, know, Bob, Sue, and Greg? They, came, to my house.</span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div>