<div dir="ltr">Hi Rik,<div><br></div><div>From what I understand, you just want to align the structures (including the ligand) based on the protein only. The align command in Pymol is deceptively simple. To replicate this in Biopython you need a sequence alignment, to find the matching pairs between the two structures, followed by a superimposition based on this matching.  </div><div><br></div><div>I wrote a small script that does what I think you want: <a href="https://gist.github.com/JoaoRodrigues/e3a4f2139d10888c679eb1657a4d7080" target="_blank">https://gist.github.com/JoaoRodrigues/e3a4f2139d10888c679eb1657a4d7080</a></div><div><br></div><div>The trick is basically to get the rotation matrix (from Superimpose) based only the CAs and then apply that transformation on every atom of the second (mobile) structure. In you case, apply the transformation necessary to align all the CAs of 4DMN onto those of 3AO1 to all atoms of 3AO1.</div><div><br></div><div>Let me know if you have questions.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>João</div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-06-04 12:13 GMT-07:00 R. K. Belew <span dir="ltr"><<a href="mailto:rbelew@ucsd.edu" target="_blank">rbelew@ucsd.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Sorry, this is a [repost from BioStars](<a href="https://www.biostars.org/p/195014/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.biostars.org/p/195014/</a>); no response there(:<br>
<br>
PDB:4DMN is a HIV-1 integrase structure with a bound ligand (PDB:0L9). i want to bring this ligand into alignment with another, reference structure PDB:3AO1.<br>
<br>
i can do alignments of the two structures, and i can identify the ligand's heteroatoms by checking the residue.get_full_id() tags.  but there are obviously no CA atoms to associated with the ligand to use as references for `Superimposer` to use for alignment.  So i figure i need to do it in two steps: first align the two structures, then use the transform found by `Superimposer` on the ligand.<br>
<br>
but i don't know how to do the second bit?<br>
<br>
PS:  poking at PyMOL,  i seem to be able to do what i want using its `matrix_copy` command:<br>
<br>
    extract 4dmn_0L9, 4dmn and organic<br>
    align 4dmn////CA, 3ao1////CA<br>
    matrix_copy 4dmn, 4dmn_0L9<br>
<br>
but i want to do it in bioPython!<br>
<br>
thanks for any hints, Rik<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div><br></div></div>