<div dir="ltr">Hi, <div><br></div><div>Thanks for the Ipython notebook, it looks like a great resource. As I suspected though, at the moment, </div><div>there is no parser for the gene files. </div><div><br></div><div>I have written a minimalistic parser for my purposes but I will be glad to make it all purpose and</div><div>contribute to biopython. I do not have a KEGG subscription so I have worked with the KEGG REST API</div><div>in biopython. Thanks for all the clarification.</div><div><br></div><div>Best Regards,</div><div>Nafiz</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><font color="#0b5394" face="verdana, sans-serif" style="font-size:12.8px">Md Nafiz Hamid</font><div style="font-size:12.8px"><font color="#0b5394" face="verdana, sans-serif">Graduate Research Assistant</font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#0b5394" face="verdana, sans-serif">Bioinformatics and Computational Biology</font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#0b5394" face="verdana, sans-serif">Department of Veterinary Microbiology and Preventive Medicine</font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#0b5394" face="verdana, sans-serif">2178 Vet Med</font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#0b5394" face="verdana, sans-serif">Iowa State University</font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#0b5394" face="verdana, sans-serif">Ames, IA 50011-1250</font></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, May 18, 2016 at 4:00 AM, Peter Cock <span dir="ltr"><<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Nafiz,<br>
<br>
If you look at Leighton's example, you'll see the KEGG REST API<br>
and KGML parsing code is now in Biopython. This was included in<br>
Biopython 1.65 onwards (contributions from Kevin Wu, Leighton,<br>
and a little from me).<br>
<br>
If you have a KEGG subscription and want to work on and contribute<br>
parsers for other files beyond enzymes and compounds, that would<br>
be useful too.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Peter<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Wed, May 18, 2016 at 9:06 AM, Leighton Pritchard<br>
<<a href="mailto:Leighton.Pritchard@hutton.ac.uk">Leighton.Pritchard@hutton.ac.uk</a>> wrote:<br>
> Hi Nafiz,<br>
><br>
> My understanding is that you are correct, with respect to parsing files from<br>
> the local filesystem (I may be wrong though…).<br>
><br>
> There is an alternative way to get access to KEGG data through the online<br>
> REST API, and there’s a summary/set of worked examples for this interface<br>
> here:<br>
> <a href="https://github.com/widdowquinn/notebooks/blob/master/Biopython_KGML_intro.ipynb" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/widdowquinn/notebooks/blob/master/Biopython_KGML_intro.ipynb</a><br>
> that I hope you might find useful. Since KEGG adopted a subscription model,<br>
> I’ve used this interface for all my KEGG work.<br>
><br>
> Best wishes,<br>
><br>
> L.<br>
><br>
> On 17 May 2016, at 20:04, Md Nafiz Hamid <<a href="mailto:nafiz.hamid.iut@gmail.com">nafiz.hamid.iut@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi,<br>
><br>
> Is there a biopython parser for KEGG gene files. I was only able to find<br>
> parsers for enzyme and compound files.<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Nafiz<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>