<div dir="ltr">If you're using Anaconda Python, why not<div><br></div><div>conda install biopython</div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 9, 2016 at 11:53 AM, Michael Muratet <span dir="ltr"><<a href="mailto:muratetm@gmail.com" target="_blank">muratetm@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Greetings<br>
<br>
I have a MacBook Pro 17” Early 2009 running 10.10.5. I’m using anaconda:<br>
<br>
Python 2.7.9 |Anaconda 2.1.0 (x86_64)| (default, Dec 15 2014, 10:37:34)<br>
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5577)] on darwin<br>
<br>
I have the command line tools for XCode 7.2, but I can select “Updates”  with the App Store app and they will reinstall every time. Weird.<br>
<br>
I’ve installed and/or upgraded earlier biopythons on this machine several times without a problem, but I have run afoul of a known problem that I can’t fix.<br>
<br>
Here’s the tail end of the build output from pip:<br>
<br>
building 'Bio.cpairwise2' extension<br>
<br>
creating build/temp.macosx-10.5-x86_64-2.7<br>
<br>
creating build/temp.macosx-10.5-x86_64-2.7/Bio<br>
<br>
gcc -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -Qunused-arguments -Qunused-arguments -I/Users/mmuratet/anaconda/include/python2.7 -c Bio/cpairwise2module.c -o build/temp.macosx-10.5-x86_64-2.7/Bio/cpairwise2module.o<br>
<br>
gcc: error: unrecognized command line option '-Qunused-arguments'<br>
<br>
gcc: error: unrecognized command line option '-Qunused-arguments'<br>
<br>
error: command 'gcc' failed with exit status 1<br>
<br>
I get the same error with easy_install.<br>
<br>
I looked inside setup.py and found:<br>
<br>
    We can avoid the clang compilation error with -Qunused-arguments which is<br>
    (currently) harmless if gcc is being used instead (e.g. compiling Biopython<br>
    against a locally compiled Python rather than the Apple provided Python).<br>
    """<br>
    # see <a href="http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython-dev/2014-April/011240.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython-dev/2014-April/011240.html</a><br>
    if sys.platform != "darwin":<br>
        return<br>
    # see also Bio/_py3k/__init__.py (which we can't use in setup.py)<br>
    if sys.version_info[0] >= 3:<br>
        from subprocess import getoutput<br>
    else:<br>
        from commands import getoutput<br>
    cc = getoutput("cc -v")<br>
    if "gcc" in cc or "clang" not in cc:<br>
        return<br>
    for flag in ["CFLAGS", "CPPFLAGS"]:<br>
        if flag not in os.environ:<br>
            os.environ[flag] = "-Qunused-arguments"<br>
        elif "-Qunused-arguments" not in os.environ[flag]:<br>
            os.environ[flag] += " -Qunused-arguments”<br>
<br>
My platform is “darwin” but my version comes back as 2. Furthermore, cc contains “clang” and so the " -Qunused-arguments” flag is getting set.<br>
<br>
I am tempted to just comment out the code to get rid of the flag, but I thought someone might be able to suggest a better solution.<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
Mike<br>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a></blockquote></div><br></div></div>