<div dir="ltr">Hi everyone,<div><br></div><div>I recently began transitioning my analyses from a big computing cluster that currently has an older version of BioPython (1.59) to a local box that I've installed the newest version of BioPython on (1.66). Unfortunately, I'm now having some problems using codeml via Bio. I'm not sure if this is due to differences between the two versions or simply a problem with how I have things configured, and I was hoping someone might have an idea about how to go about figuring that out. Incidentally, the version of python is also different (2.7.3 on the cluster, 2.7.6 on the new system.) Here is the error message when I get when I call cml.run() via the same script that works fine on the other cluster:</div><div><div>Traceback (most recent call last):</div><div>  File "codemlscript.py", line 117, in <module></div><div>    results = cml.run()</div><div>  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/Bio/Phylo/PAML/codeml.py", line 186, in run</div><div>    Paml.run(self, ctl_file, verbose, command)</div><div>  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/Bio/Phylo/PAML/_paml.py", line 145, in run</div><div>    stdout=subprocess.PIPE)</div><div>  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 522, in call</div><div>    return Popen(*popenargs, **kwargs).wait()</div><div>  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 710, in __init__</div><div>    errread, errwrite)</div><div>  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1327, in _execute_child</div><div>    raise child_exception</div><div>OSError: [Errno 2] No such file or directory</div></div><div><br></div><div>Thanks very much for taking the time to read.</div><div><br></div><div>Cheers!</div><div>Jeremy</div><div><br></div></div>