<div dir="ltr">Hi Peter,<div><br></div><div>yes it is exactly! Unfortunately Markus and <span style="color:rgb(51,51,51);font-family:'Helvetica Neue',Helvetica,'Segoe UI',Arial,freesans,sans-serif,'Apple Color Emoji','Segoe UI Emoji','Segoe UI Symbol';font-size:14px;line-height:21px;white-space:pre-wrap">Jennifer</span> discussed and solved it separately. </div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Stefanie</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-01-19 10:20 GMT+01:00 Peter Cock <span dir="ltr"><<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com" target="_blank">p.j.a.cock@googlemail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Stefanie,<br>
<br>
This sounds very similar to this issue - is it?:<br>
<a href="https://github.com/biopython/biopython/issues/682" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/biopython/biopython/issues/682</a><br>
<br>
Peter<br>
<div><div class="h5"><br>
On Tue, Jan 19, 2016 at 7:52 AM, Stefanie Lück <<a href="mailto:luecks@gmail.com">luecks@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hello everybody!<br>
><br>
> First of all I would like to thank you because of the great documentation of<br>
> the module I mention above.<br>
><br>
> However I have a problem. I am trying to calculate the temperature with<br>
> Tm_NN by using dangling ends.<br>
><br>
> I am calling the function like this:<br>
><br>
> Tm_NN(seq, check=True, strict=True, c_seq=c_seq, shift=1, nn_table=RNA_NN3,<br>
>           tmm_table=DNA_TMM1, imm_table=DNA_IMM1, de_table=RNA_DE1,<br>
>           dnac1=25, dnac2=0, selfcomp=False, Na=20, K=50, Tris=0, Mg=0,<br>
>           dNTPs=0, saltcorr=5)<br>
><br>
> whereas an example,<br>
><br>
> seq = GAT<br>
> c_seq = TCTA<br>
><br>
> which means:<br>
> -GAT<br>
> TCTA<br>
><br>
> Unfortunately I got a keyerror (KeyError: '.G/TC') because the dictionary<br>
> does not contain '.G/TC' but 'CT/G.'<br>
><br>
> Do I have to supply the two sequences in a different way? I can not find<br>
> what I am doing wrong, I supply seq in 5'-3' and c_seq in 3'-5' direction.<br>
><br>
> Any help would be very appreciated!<br>
> Thanks,<br>
> Stefanie<br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
> <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div><br></div>