<div dir="ltr">Hello everybody!<div><br></div><div>First of all I would like to thank you because of the great documentation of the module I mention above. </div><div><br></div><div>However I have a problem. I am trying to calculate the temperature with Tm_NN by using dangling ends.</div><div><br></div><div>I am calling the function like this:</div><div><br></div><div><div>Tm_NN(seq, check=True, strict=True, c_seq=c_seq, shift=1, nn_table=RNA_NN3,</div><div>          tmm_table=DNA_TMM1, imm_table=DNA_IMM1, de_table=RNA_DE1,</div><div>          dnac1=25, dnac2=0, selfcomp=False, Na=20, K=50, Tris=0, Mg=0,</div><div>          dNTPs=0, saltcorr=5)</div></div><div><br></div><div>whereas an example,</div><div><br></div><div>seq = GAT</div><div>c_seq = TCTA</div><div><br></div><div>which means:</div><div><font face="monospace, monospace">-GAT</font></div><div><font face="monospace, monospace">TCTA</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Unfortunately I got a keyerror (KeyError: '.G/TC') because the dictionary does not contain </font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">'.G/TC' but </span><font face="arial, helvetica, sans-serif">'CT/G.'</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Do I have to supply the two sequences in a different way? I can not find what I am doing wrong, I supply seq in 5'-3' and c_seq in 3'-5' direction.</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Any help would be very appreciated!</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Thanks,</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Stefanie</font></div></div>