<div dir="ltr"><div>The problem is that the DOCTYPE is missing from the XML file. </div><div><br></div><div><div>For example, a nucleotide XML file begins like this:</div><div><br></div><div><div><?xml version="1.0"?></div><div> <!DOCTYPE GBSet PUBLIC "-//NCBI//NCBI GBSeq/EN" "<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dtd/NCBI_GBSeq.dtd">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dtd/NCBI_GBSeq.dtd</a>"></div><div> <GBSet></div></div></div><div><br></div><div>As far as I can tell, this is the appropriate DTD: <a href="http://www.nlm.nih.gov/databases/dtd/nlmcatalogrecordset_150101.dtd">http://www.nlm.nih.gov/databases/dtd/nlmcatalogrecordset_150101.dtd</a><br></div><div><br></div><div>However, because the DTD is not specified in the file, the parser does not know where to find it.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Lenna</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 7, 2015 at 2:03 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:c.buhtz@posteo.jp" target="_blank">c.buhtz@posteo.jp</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">See the attachment for the xml-file that gives h.read() back.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">--<br>
GnuPGP-Key ID 0751A8EC<br>
</font></span><br>_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br></blockquote></div><br></div>