<div dir="ltr">Greetings all. <div><br></div><div>I have 1) a list of species and 2) a list of genes. I am trying to use Entrez.esearch within Biopython to get a list of accession numbers from NCBI for each gene from each species. I wrote a small code that can do it for one gene and one species but have been unsuccessful at creating a code to iterate through the lists. Here is an example of the code that works. This returns '11' hits which matches a simple GenBank search. Any help on how to iterate through two list would be most appreciated.</div><div><br></div><div>Jarrod </div><div><br></div><div>import sys<br></div><div><div>import time</div><div>from Bio import Entrez</div><div>Entrez.email = "<a href="mailto:jjscott@uwalumni.com">jjscott@uwalumni.com</a>"</div><div>gene = 'tufA'</div><div>species = 'Codium decorticatum'</div><div>terms = "{0}[orgn] AND {1}[Gene]".format(species, gene)</div><div>handle = Entrez.esearch(db = "nucleotide", term = terms)</div><div>record = Entrez.read(handle)</div><div>record["Count"]</div><div>record["IdList"]</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Example files:</div><div><br></div><div>Species:</div><div><br></div><div>E. coli</div><div>H. Sapien</div><div>M. tardes</div><div><br></div><div>Genes:</div><div><div>yyy</div><div>zzz</div><div>aaa</div><div><br></div></div><div><br></div><div><a rel="nofollow" class="" href="http://biopython.org/DIST/biopython-1.66.tar.gz" style="text-decoration:none;color:rgb(102,51,102)">biopython-1.66</a><br></div><div><div>Python 2.7.9 :: Anaconda 2.2.0 (x86_64)</div></div><div>OS X Yosemite 10.10.2</div></div>