<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Currently Biopython does not attempt to do anything about</div><div>limiting retmax on your behalf.  The suggested retmax limit of 500</div><div>is probably specific to that database and/or file format (or so I</div><div>would imagine - some records like uilists are tiny in comparison).</div><div><br></div><div>Are you using the results as XML? It probably is possible to</div><div>merge the XML files, but it might be more hassle that its worth.</div><div><br></div><div>I would suggest a double loop ought to work fine - loop over</div><div>the collection of XML files, and then for each file loop over the</div><div>records returned from the parser.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div><br></div><div>Peter<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 2, 2015 at 9:39 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:c.buhtz@posteo.jp" target="_blank">c.buhtz@posteo.jp</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I asked the Entrez support how should I tread the servers resources<br>
with "respect". :)<br>
<br>
First answer was without discrete numbers but in the second one they<br>
told me asking for 500 (retmax for eSearch) is a "reasonable" value<br>
because the eBot (a tool they offer on their website) use it, too.<br>
<br>
No I have nearly 13.000 PIDs I want to fetch their article infos via<br>
eFetch. It is a lot. ;)<br>
<br>
But I am not sure how to do that with biopython. When I separate that<br>
in 500-packages I would have 26 different record objects back.<br>
I don't like that. I would prefer one big record object I can analyse.<br>
<br>
Do you see a way to merge this record objects. Or maybe there is<br>
another way for that?<br>
Or does Biopython.Entrez still handle that problem internal (like the<br>
only-3-per-second-querys-rule or the HTTP-POST-decision)?<br>
<br>
Any suggestions?<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">--<br>
GnuPGP-Key ID 0751A8EC<br>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div></div></div>