<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Hello everyone,</span><div style="font-size:12.8px">I have been struggling with the calculation of Residue depth using the class <span style="color:rgb(0,0,0);line-height:1.3em;background-color:rgb(249,249,249)">ResidueDepth as mentioned in [<a href="http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioinformatics_FAQ#How_do_I_calculate_residue_depth.3F" target="_blank">1</a>].</span></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><span style="line-height:16.9px">I already set everything up and installed the msms from [<a href="http://mgltools.scripps.edu/downloads#msms" target="_blank">2</a>]. </span></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><span style="line-height:16.9px">However, I cannot make it run as it should. At first I thought it could be a problem with my .pdb files, but I tested with 3 different files downloaded directly from the protein data bank (1YRK, 1B4F, 1U46) and I keep getting the same error message which is something like this:</span></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><span style="line-height:16.9px"><br></span></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><span style="line-height:16.9px">A bunch of this:</span></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><div><span style="line-height:16.9px">pdb_to_xyzr: error, file 1YRK.pdb line 1687 residue   37 atom pattern HOH O was not found in ./atmtypenumbers</span></div><div><span style="line-height:16.9px">pdb_to_xyzr: error, file 1YRK.pdb line 1688 residue   38 atom pattern HOH O was not found in ./atmtypenumbers</span></div><div><span style="line-height:16.9px">pdb_to_xyzr: error, file 1YRK.pdb line 1689 residue   39 atom pattern HOH O was not found in ./atmtypenumbers</span></div><div><span style="line-height:16.9px">pdb_to_xyzr: error, file 1YRK.pdb line 1690 residue   40 atom pattern HOH O was not found in ./atmtypenumbers</span></div><div><span style="line-height:16.9px">pdb_to_xyzr: error, file 1YRK.pdb line 1691 residue   41 atom pattern HOH O was not found in ./atmtypenumbers</span></div><div><span style="line-height:16.9px">pdb_to_xyzr: error, file 1YRK.pdb line 1692 residue   42 atom pattern HOH O was not found in ./atmtypenumbers</span></div><div style="line-height:16.9px"><br></div><div style="line-height:16.9px">and the traceback error message right after:</div><div style="line-height:16.9px"><div style="line-height:16.9px">Traceback (most recent call last):</div><div style="line-height:16.9px">  File "generate_measurements.py", line 82, in <module></div><div style="line-height:16.9px">    rd = ResidueDepth(struct[0], '1YRK.pdb')</div><div style="line-height:16.9px">  File "/home/carlos/.virtualenvs/pdb/local/lib/python2.7/site-packages/Bio/PDB/ResidueDepth.py", line 144, in __init__</div><div style="line-height:16.9px">    surface=get_surface(pdb_file)</div><div style="line-height:16.9px">  File "/home/carlos/.virtualenvs/pdb/local/lib/python2.7/site-packages/Bio/PDB/ResidueDepth.py", line 90, in get_surface</div><div style="line-height:16.9px">    "Failed to generate surface file using command:\n%s" % make_surface</div><div style="line-height:16.9px">AssertionError: Failed to generate surface file using command:</div><div style="line-height:16.9px">msms -probe_radius 1.5 -if /tmp/tmpwodW16 -of /tmp/tmpCbMTwN > /tmp/tmprkvaQv</div><div><br></div><div>I have been trying to solve this since yesterday in vain. Does anyone have any clue or maybe I can get the residue depth using something else?</div><div><br></div><div>Cheers,</div></div></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><span style="line-height:16.9px"><br></span></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><span style="line-height:16.9px">[1] <a href="http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioinformatics_FAQ#How_do_I_calculate_residue_depth.3F" target="_blank">http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioinformatics_FAQ#How_do_I_calculate_residue_depth.3F</a></span></font></div><div style="font-size:12.8px"><font color="#000000"><span style="line-height:16.9px">[2] </span></font><a href="http://mgltools.scripps.edu/downloads#msms" target="_blank" style="color:rgb(52,101,164)">http://mgltools.scripps.edu/downloads#msms</a></div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Carlos Rodrigues<div><div><br></div></div></div></div>
</div>