<div dir="ltr">if you look at PDBIO.py :<div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">if model_flag:</font></div><div><font face="monospace, monospace">    fp.write(&quot;MODEL      %s\n&quot; % model.serial_num)</font></div></div>​<div>so model.serial_num is written, not <a href="http://model.id">model.id</a>. </div><div><br></div><div>Although the BioPython FAQ says:</div><div><br></div><div><h4 style="color:rgb(0,0,0);margin:0px 0px 0.3em;overflow:hidden;padding-top:0.5em;padding-bottom:0.17em;border-bottom-style:none;width:auto;font-size:14.848px;font-family:sans-serif;line-height:19.2px;background-image:none;background-repeat:initial"><span class="" id="What_is_a_model_id.3F">What is a model id?</span></h4><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.2px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.8px">The model id is an integer which denotes the rank of the model in the PDB/mmCIF file. The model is starts at 0. Crystal structures generally have only one model (with id 0), while NMR files usually have several models.</p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.2px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.8px"><br></p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.2px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.8px">So perhaps one of them should be updated?</p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.2px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.8px">hongbo</p></div></div>