<div dir="ltr">Dear Hongbo and <span style="font-size:13px;white-space:nowrap">João,</span><div><span style="white-space:nowrap"><br></span><div>thank you both! I got my models named right now, but as <span style="font-size:13px;white-space:nowrap">João points out, the TER keeps appearing. </span></div><div><span style="font-size:13px;white-space:nowrap">Anyway, I am happy that it is something that can be </span><span style="white-space:nowrap">helpful for other cases </span><span style="white-space:nowrap">because it is a general problem in the writing of</span></div></div><div><span style="white-space:nowrap">the file. I will updgrade my Biopython installation as soon as the fix is available. Thanks again! :)</span></div><div><span style="white-space:nowrap"><br></span></div><div><span style="white-space:nowrap">Best,</span></div><div><span style="white-space:nowrap"><br></span></div><div><span style="white-space:nowrap">Claudia</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-10-27 13:40 GMT+00:00 Hongbo Zhu 朱宏博 <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:macrozhu@gmail.com" target="_blank">macrozhu@gmail.com</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">if you look at PDBIO.py :<div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace">if model_flag:</font></div><div><font face="monospace, monospace">    fp.write(&quot;MODEL      %s\n&quot; % model.serial_num)</font></div></div>​<div>so model.serial_num is written, not <a href="http://model.id" target="_blank">model.id</a>. </div><div><br></div><div>Although the BioPython FAQ says:</div><div><br></div><div><h4 style="color:rgb(0,0,0);margin:0px 0px 0.3em;overflow:hidden;padding-top:0.5em;padding-bottom:0.17em;border-bottom-style:none;width:auto;font-size:14.848px;font-family:sans-serif;line-height:19.2px;background-image:none;background-repeat:initial"><span>What is a model id?</span></h4><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.2px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.8px">The model id is an integer which denotes the rank of the model in the PDB/mmCIF file. The model is starts at 0. Crystal structures generally have only one model (with id 0), while NMR files usually have several models.</p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.2px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.8px"><br></p><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.2px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.8px">So perhaps one of them should be updated?</p><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><p style="margin:0.4em 0px 0.5em;line-height:19.2px;color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.8px">hongbo</p></font></span></div></div>
</blockquote></div><br></div>