<div dir="ltr">If you store your list of identifiers in a file given by the variable &#39;file_path&#39;, with one identifier per line, you can use:<div><br></div><div>ids_to_fetch = &quot;,&quot;.join(open(file_path))</div><div><br></div><div>This code will open the file, and use the default iteration behavior for file objects to yield a line at a time to the join method of the string &quot;,&quot;. This will create a long string of comma-separated identifiers to use in your efetch call.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 8, 2015 at 9:12 PM, Zach Gayk <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:zgayk@nmu.edu" target="_blank">zgayk@nmu.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
I would like to use the following code from the biopython tutorial to<br>
retrieve gi numbers for a number of sequences that matched to scaffolds on<br>
a genome assembly:<br>
<br>
import os<br>
os.chdir(&#39;/Users/zachgayk/Desktop/GAVIABioinformatics/&#39;)<br>
from Bio import Entrez # this is the most likely script modified<br>
from Bio import SeqIO<br>
Entrez.email = &quot;<a href="mailto:zgayk@nmu.edu">zgayk@nmu.edu</a>&quot;<br>
handle = Entrez.efetch(db=&quot;nucleotide&quot;, rettype=&quot;gb&quot;, retmode=&quot;text&quot;, \<br>
                       id=&quot;gi|50254217|gb|`, gi|50254217|gb|AY567890.1|,<br>
gi|559028|gb|L33375.1|GVSMTDGI,<br>
gi|559028|gb|L33375.1|GVSMTDGI&quot;)<br>
for seq_record in SeqIO.parse(handle, &quot;gb&quot;):<br>
    print seq_record.description[:100] + &quot;...&quot; # the :100 specifies no.<br>
characters and &quot;...&quot; says this comes after specified character limit<br>
handle.close()<br>
<br>
The problem, however, is that there are a large number of gi numbers I<br>
wish to retrieve, and so there are simply too many to manually enter into<br>
the id =&quot;&quot; field. What I would like to do is specify a file containing all<br>
of the needed gi numbers in a list and then have the code parse all of<br>
them. I haven&#39;t been able to figure out how to do this yet, and if anyone<br>
has any ideas they would be very much appreciated.<br>
<br>
Thank you,<br>
Zach Gayk<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div><br></div>