<p dir="ltr">Hi Bradley, </p>
<p dir="ltr">Thanks for reporting the bug. I can tell you that support for hmmer 3b1 is not fully tested yet, so some output files may produce the output / error you are seeing. </p>
<p dir="ltr">Would you mind sending the file as well (privately to me is also fine, though I prefer public)? </p>
<p dir="ltr">Best regards, <br>
Bow</p>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 12, 2015, 17:56 D. Bradley &lt;<a href="mailto:db534@cam.ac.uk">db534@cam.ac.uk</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
I am trying to parse a text output file from HMMER vesion 3.1b1; the<br>
file was produced using the following command:<br>
<br>
* hmmsearch Pkinase.hmm H_sapiens.fasta.gz &gt; PKhits.out<br>
<br>
In BioPython, I have tried to begin parsing this file by issuing the<br>
following commands:<br>
<br>
* from Bio import SearchIO<br>
* hmmer_qresult = SearchIO.read(&#39;PKhits.out&#39;, &#39;hmmer3-text&#39;)<br>
<br>
However, an error is produced and I get the following output:<br>
<br>
&quot;qid = regx.group(1).strip()&quot;<br>
&quot;AttributeError: &#39;NoneType&#39; object has no attribute &#39;group&#39;&quot;<br>
<br>
<br>
I do not know what the problem is. I am a beginner bioinformatician and<br>
this is actually the first time I&#39;ve tried to parse anything, so maybe<br>
the error is simply in my understanding. However, from a quick web<br>
search, somebody else seems to have had a similar problem<br>
(<a href="http://permalink.gmane.org/gmane.comp.python.bio.general/8027" rel="noreferrer" target="_blank">http://permalink.gmane.org/gmane.comp.python.bio.general/8027</a>).<br>
<br>
Any help would be greatly appreciated; I can send my output file<br>
straight away upon request.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
David Bradley (PhD student)<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div>