<div dir="ltr">Hi there,<div><br></div><div>Again: you are running Python commands on the BASH shell. As Peter suggested before, you should copy all the Python commands to a file, call it whatever you want as long as it ends in &quot;.py&quot; (without quotes) and then run it with python filename.</div><div><br></div><div>I honestly suggest you read at least a basic tutorial on how to run Python programs. </div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>João</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-06-03 11:24 GMT+02:00 Atteyet-Alla.Yassin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Atteyet-Alla.Yassin@ukb.uni-bonn.de" target="_blank">Atteyet-Alla.Yassin@ukb.uni-bonn.de</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hallo peter I tried it but, unfortunately get the following and the
    output file was blank:<br>
    <br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$ with open(&quot;CP008802.txt&quot;,
    &quot;w&quot;) as output:<br>
    bash: Syntaxfehler beim unerwarteten Wort `(&#39;<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$    
output.write(&quot;Seqname\tSource\tfeature\tStart\tEnd\tScore\tStrand\tFrame\tAttributes\n&quot;)<br>
    bash: Syntaxfehler beim unerwarteten Wort
`&quot;Seqname\tSource\tfeature\tStart\tEnd\tScore\tStrand\tFrame\tAttributes\n&quot;&#39;<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$     for record in
    SeqIO.parse(&quot;CP008802.gbk&quot;, &quot;genbank&quot;):<br>
    bash: Syntaxfehler beim unerwarteten Wort `(&#39;<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$         print(&quot;Converting
    %s&quot; % <a href="http://record.name" target="_blank">record.name</a>)<br>
    bash: Syntaxfehler beim unerwarteten Wort `&quot;Converting %s&quot;&#39;<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$         for f in
    record.features:<br>
    &gt;             if f.type != &quot;gene&quot;:<br>
    bash: Syntaxfehler beim unerwarteten Wort `if&#39;<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$                 continue<br>
    bash: continue: nur in einer `for&#39;, `while&#39; oder `until&#39; Schleife
    sinnvoll.<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$             locus_tag =
    f.qualifiers[&quot;locus_tag&quot;][0]<br>
    bash: locus_tag: Kommando nicht gefunden.<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$             if
    len(f.location.parts) &gt; 1:<br>
    bash: Syntaxfehler beim unerwarteten Wort `f.location.parts&#39;<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$                
    print(&quot;What should we do for %s (compound location)? %s&quot; %
    (locus_tag, f.location))<br>
    bash: Syntaxfehler beim unerwarteten Wort `&quot;What should we do for %s
    (compound location)? %s&quot;&#39;<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$                 continue<br>
    bash: continue: nur in einer `for&#39;, `while&#39; oder `until&#39; Schleife
    sinnvoll.<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$            
    output.write(&#39;%s\tGenBank\t%s\t%i\t%i\t0,000000\t%s\t.\tlocus_tag\t&quot;%s&quot;;
    transcript_id &quot;%s&quot;\n&#39;<br>
    bash: Syntaxfehler beim unerwarteten Wort
    `&#39;%s\tGenBank\t%s\t%i\t%i\t0,000000\t%s\t.\tlocus_tag\t&quot;%s&quot;;
    transcript_id &quot;%s&quot;\n&#39;&#39;<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$                          %
    (<a href="http://record.name" target="_blank">record.name</a>, f.type,<br>
    bash: Syntaxfehler beim unerwarteten Wort `<a href="http://record.name" target="_blank">record.name</a>,&#39;<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$                            
    f.location.start + 1, f.location.end, f.location.strand,<br>
    bash: f.location.start: Kommando nicht gefunden.<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$                            
    locus_tag, locus_tag))<br>
    bash: Syntaxfehler beim unerwarteten Wort `)&#39;<br>
    ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$ print(&quot;Done&quot;)<br>
    <br>
    <div>Am 02.06.2015 um 15:40 schrieb Peter
      Cock:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      <p><tt><font size="3">On Tue, Jun 2, 2015 at 1:02 PM,
            Atteyet-Alla.Yassin<br>
          </font></tt><tt><font size="3"><a href="mailto:Atteyet-Alla.Yassin@ukb.uni-bonn.de" target="_blank">&lt;Atteyet-Alla.Yassin@ukb.uni-bonn.de&gt;</a>
            wrote:<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; Hallo Peter - Hiier are
            the messages. May be arised during copy and paste<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; the command you sent? I
            work with a debian! Therfore please send the command<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; as attached file:<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3"><a href="https://gist.github.com/peterjc/bf6796adbc9e7737bff6" target="_blank">https://gist.github.com/peterjc/bf6796adbc9e7737bff6</a>
            is a Python script<br>
          </font></tt><tt><font size="3">to be run inside Python, not a
            shell script to run at the terminal prompt.<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">Download and save it as something like
            genbank_to_table.py then run<br>
          </font></tt><tt><font size="3">it like this:<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">$ python genbank_to_table.py<br>
          </font></tt><tt><font size="3">Converting CP008802<br>
          </font></tt><tt><font size="3">What should we do for
            FB03_00005 (compound location)? join{[0:6](-),<br>
          </font></tt><tt><font size="3">[2158322:2159306](-)}<br>
          </font></tt><tt><font size="3">Done<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">Peter</font></tt><br>
      </p>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
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