<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hallo Peter,<br>
    <br>
    many  many thanks it work now. But I have only a small problem. As
    you see from the table the tabs are inconsistent with one another.
    Is there a possibility to solve this problem?<br>
    <br>
    Seqname    Source    feature    Start    End    Score    Strand   
    Frame    Attributes<br>
    CP008802    GenBank    gene    417    638    0,000000    1    .   
    locus_tag    "FB03_00010"; transcript_id "FB03_00010"<br>
    CP008802    GenBank    gene    814    2193    0,000000    -1    .   
    locus_tag    "FB03_00015"; transcript_id "FB03_00015"<br>
    CP008802    GenBank    gene    2407    3408    0,000000    -1   
    .    locus_tag    "FB03_00020"; transcript_id "FB03_00020"<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">Am 03.06.2015 um 12:26 schrieb Peter
      Cock:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAKVJ-_7niJi_fAhL9oDbPhasPi=h0bP22gPq20GhjUq4RqdmJw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <p><tt><font size="3">Hello again,<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">You are still trying to run Python command
            directly in the terminal<br>
          </font></tt><tt><font size="3">shell, rather than within
            Python.<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">When we write "$" we general mean a command
            to be typed at the<br>
          </font></tt><tt><font size="3">terminal (Unix or Linux or
            Mac), e.g.<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">$ ls -l<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">that would mean type the letters l, s, space,
            minus, l, enter. This<br>
          </font></tt><tt><font size="3">would give a directory listing
            in long mode (one file per line).<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">In this case I was suggesting you run:<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">$ python genbank_to_table.py<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">(having first saved the example Python script
            as a file named<br>
          </font></tt><tt><font size="3">genbank_to_table.py).<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">As well as "$" to indicate the terminal
            prompt, you will often see<br>
          </font></tt><tt><font size="3">people write "&gt;&gt;&gt;" to
            indicate the Python prompt where you<br>
          </font></tt><tt><font size="3">would type a Python command to
            be run inside Python.<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">Do you know anyone in your group who knows a
            little Python,<br>
          </font></tt><tt><font size="3">or about working at the command
            line? Some in-person help<br>
          </font></tt><tt><font size="3">would be best. Or an
            introductory Python text book / tutorial?<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">Peter<br>
          </font></tt><br>
        <tt><font size="3">On Wed, Jun 3, 2015 at 10:24 AM,
            Atteyet-Alla.Yassin<br>
          </font></tt><tt><font size="3"><a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:Atteyet-Alla.Yassin@ukb.uni-bonn.de">&lt;Atteyet-Alla.Yassin@ukb.uni-bonn.de&gt;</a>
            wrote:<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; Hallo peter I tried it
            but, unfortunately get the following and the output<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; file was blank:<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$ with
            open("CP008802.txt", "w") as<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; output:<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: Syntaxfehler beim
            unerwarteten Wort `('<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
output.write("Seqname\tSource\tfeature\tStart\tEnd\tScore\tStrand\tFrame\tAttributes\n")<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: Syntaxfehler beim
            unerwarteten Wort<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
`"Seqname\tSource\tfeature\tStart\tEnd\tScore\tStrand\tFrame\tAttributes\n"'<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$     for record in<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            SeqIO.parse("CP008802.gbk", "genbank"):<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: Syntaxfehler beim
            unerwarteten Wort `('<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$        
            print("Converting %s" %<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; record.name)<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: Syntaxfehler beim
            unerwarteten Wort `"Converting %s"'<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$         for f in
            record.features:<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;&gt;             if f.type
            != "gene":<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: Syntaxfehler beim
            unerwarteten Wort `if'<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$                
            continue<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: continue: nur in
            einer `for', `while' oder `until' Schleife sinnvoll.<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$            
            locus_tag =<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            f.qualifiers["locus_tag"][0]<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: locus_tag: Kommando
            nicht gefunden.<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$             if<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; len(f.location.parts) &gt;
            1:<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: Syntaxfehler beim
            unerwarteten Wort `f.location.parts'<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$                
            print("What should<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; we do for %s (compound
            location)? %s" % (locus_tag, f.location))<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: Syntaxfehler beim
            unerwarteten Wort `"What should we do for %s<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; (compound location)? %s"'<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$                
            continue<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: continue: nur in
            einer `for', `while' oder `until' Schleife sinnvoll.<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            output.write('%s\tGenBank\t%s\t%i\t%i\t0,000000\t%s\t.\tlocus_tag\t"%s";<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; transcript_id "%s"\n'<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: Syntaxfehler beim
            unerwarteten Wort<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            `'%s\tGenBank\t%s\t%i\t%i\t0,000000\t%s\t.\tlocus_tag\t"%s";
            transcript_id<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; "%s"\n''<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$                  
                   %<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; (record.name, f.type,<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: Syntaxfehler beim
            unerwarteten Wort `record.name,'<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; f.location.start + 1,
            f.location.end, f.location.strand,<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: f.location.start:
            Kommando nicht gefunden.<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; locus_tag, locus_tag))<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; bash: Syntaxfehler beim
            unerwarteten Wort `)'<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            ukb03709@zr1005436:~/Dokumente/idiograms$ print("Done")<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; Am 02.06.2015 um 15:40
            schrieb Peter Cock:<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; On Tue, Jun 2, 2015 at
            1:02 PM, Atteyet-Alla.Yassin<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:Atteyet-Alla.Yassin@ukb.uni-bonn.de">&lt;Atteyet-Alla.Yassin@ukb.uni-bonn.de&gt;</a> wrote:<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;&gt; Hallo Peter - Hiier
            are the messages. May be arised during copy and paste<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;&gt; the command you sent?
            I work with a debian! Therfore please send the<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;&gt; command<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;&gt; as attached file:<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; <a moz-do-not-send="true"
href="https://gist.github.com/peterjc/bf6796adbc9e7737bff6">https://gist.github.com/peterjc/bf6796adbc9e7737bff6</a>
            is a Python script<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; to be run inside Python,
            not a shell script to run at the terminal prompt.<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; Download and save it as
            something like genbank_to_table.py then run<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; it like this:<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; $ python
            genbank_to_table.py<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; Converting CP008802<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; What should we do for
            FB03_00005 (compound location)? join{[0:6](-),<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; [2158322:2159306](-)}<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; Done<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; Peter<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt;
            _______________________________________________<br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; Biopython mailing list  -
             <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
          </font></tt><tt><font size="3">&gt; <a moz-do-not-send="true"
href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a></font></tt><br>
      </p>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>