<html>

  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    Hello All,<br>

    <br>

    This is not a Biopython specific posting, yet I believe it may

    interest many Biopython users.<br>

    <br>

    PythonCyc allows you to interact with <a

      href="http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/">Pathway Tools</a>

    using the Python programming language.<br>

    The latest version of Pathway Tools (19.0) was just released (for

    all release notes of Pathway Tools, please see <a

      href="http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/release-notes.html">Released

      Notes</a>). <br>

    Please see below for more details on a complete API documentation

    and a tutorial for PythonCyc.<br>

    <br>

    -- Mario Latendresse

    <br>

    Computer Scientist

    <br>

    SRI International<br>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">

    <h1><small>PythonCyc: A Python Interface for Pathway Tools</small></h1>

    <p> It is now possible to use the Python programming language to

      query

      and modify an organism database (i.e., a PGDB) of Pathway Tools

      via the

      newly developed PythonCyc package. You will need a recent version

      of

      Pathway Tools, that is, version 18.5 (November 2014) or version

      19.0 (March 2015), to use

      PythonCyc.

    </p>

    <ul>

      <li>PythonCyc is hosted on <a

          href="http://github.com/latendre/PythonCyc">GitHub</a>. To use

        PythonCyc, you will have to download it from GitHub and install

        it on your local computer.

      </li>

      <li>The <a

          href="https://github.com/latendre/PythonCyc/blob/master/doc/tutorial.md">PythonCyc

          tutorial</a> describes how to install PythonCyc and the main

        functionalities available. </li>

      <li>PythonCyc has over 150 functions to interact with Pathway

        Tools.

        In particular, you can extract and manipulate all data from

        PGDBs and modify your own PGDBs by using the well-known Python

        programming language.

      </li>

      <li>You can access MetaFlux, a Flux Balance Analysis tool, via

        PythonCyc.

      </li>

      <li>The complete <a href="http://pythoncyc.readthedocs.org">PythonCyc

          API

          documentation</a> is available online.

      </li>

    </ul>

    <br>

  </body>

</html>