<div dir="ltr">Dear colleagues, what&#39;s the fastest way to produce a lot of pairwise alignmnents from (bio)python? Bio::pairwise2 is pretty slow and allows only for linear gap penalties, not affine ones. So currently I launch a bunch of subprocesses of NWalign or needle. It works, but is about twice slower then clustalw pairwise alignments. Which, alas, clustal discards after building guide tree and doesn&#39;t print.<div><br></div><div>Is this the fastest way it can be or I have missed some other tool?<br><div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><font face="arial,helvetica,sans-serif">Alexey Morozov,<br>LIN SB RAS, bioinformatics group.<br>Irkutsk, Russia.<br></font></div>
</div></div></div>