<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I&#39;m working on a library for interacting with and manipulating glycomics data.</div><div><br></div><div><div style="font-size:12.8000001907349px">The library can currently do the following:</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><ol><li style="margin-left:15px">Read and write GlycoCT Condensed format carbohydrate structures that are concrete (having no variable or undefined structures)</li><li style="margin-left:15px">Read GlycoCTXML format carbohydrate structures that are concrete</li><li style="margin-left:15px">Manipulate the tree structure, adding and removing monosaccharide and substituent nodes, as well as altering existing nodes and edges. </li><li style="margin-left:15px">Calculate elemental compositions for glycan structures</li><li style="margin-left:15px">Create arbitrary chemical derivitizations (e.g. permethylation) of glycan structures</li><li style="margin-left:15px">Generate B, C, Y, and Z fragments from structures as observed when analyzing a structure with tandem mass spectrometry.</li><li style="margin-left:15px">Make API calls against GlycomeDB to download structures and annotations on the fly</li><li style="margin-left:15px">Perform sub-tree inclusion and maximum common substructure searches with fuzzy matching.</li><li style="margin-left:15px">Plot glycan structures using the Consortium for Functional Glycomics symbol nomenclature with matplotlib.</li><li style="margin-left:15px">Perform error tolerant name inference on monosaccharides</li></ol><div>The library is a work in progress still. The code is hosted at <a href="https://github.com/mobiusklein/pygly2">https://github.com/mobiusklein/pygly2</a></div><div><br></div><div>Is there any interest in these (or related) features in the community?</div><div><br></div><div>The library is self-contained, having not dependencies on Biopython currently. Is there any interest in the community in seeing a common API written to include with Biopython?</div><div><br></div><div>Thank you,</div><div>Joshua Klein</div></div></div></div>