<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 TRANSITIONAL//EN">
<HTML>
<HEAD>
  <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; CHARSET=UTF-8">
  <META NAME="GENERATOR" CONTENT="GtkHTML/4.8.5">
</HEAD>
<BODY>
Hi again Peter,<BR>
<BR>
Thanks for the answer:<BR>
<BR>
&gt; BLAST alignments include the start/end coordinates of the match on both the query sequence and the match/hit sequence.<BR>
<BR>
Is there any convenient way to access these values from within biopython? Quite frankly I can't even find them by looking at the XML <A HREF="https://bpaste.net/show/3c2d54393feb">https://bpaste.net/show/3c2d54393feb</A> (the output is huge, this is just the part that fit into my console).<BR>
<BR>
So, can you show me how to get those values?<BR>
<BR>
Best,<BR>
Christian<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
On Mon, 2015-03-02 at 13:24 +0000, Peter Cock wrote:
<BLOCKQUOTE TYPE=CITE>
<PRE>
Hi Horea,

On Sat, Feb 28, 2015 at 5:47 AM, Horea Chrristian &lt;<A HREF="mailto:h.chr@mail.ru">h.chr@mail.ru</A>&gt; wrote:
<FONT COLOR="#737373">&gt; Thanks for your answer. I want my code to be as reproducible as possible and</FONT>
<FONT COLOR="#737373">&gt; have as little dependencies as possible, so I would rather use remote BLAST</FONT>
<FONT COLOR="#737373">&gt; than set it up (and expect all my users to set it up) locally. is there any</FONT>
<FONT COLOR="#737373">&gt; way to BLAST remotely just against the mouse? You said BLAST might not be</FONT>
<FONT COLOR="#737373">&gt; the best solution - what then? I tried EMBOSS' supermatcher, but that</FONT>
<FONT COLOR="#737373">&gt; requires local sequences and is excruciatingly slow....</FONT>

If you don't want to install any local software, databases or
copy of the mouse genome, then NCBI BLAST is probably
quite a good solution (especially given the low volume of
data - just two queries).

<FONT COLOR="#737373">&gt; Also, my main concern right now is finding the position of my hits on the</FONT>
<FONT COLOR="#737373">&gt; genome (chromosome) - could you also tell me something about that?</FONT>
<FONT COLOR="#737373">&gt;</FONT>
<FONT COLOR="#737373">&gt; Best,</FONT>
<FONT COLOR="#737373">&gt; Christian</FONT>

BLAST alignments include the start/end coordinates of the match
on both the query sequence and the match/hit sequence.

Peter
</PRE>
</BLOCKQUOTE>
<BR>
</BODY>
</HTML>