<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Jakub,<br><br></div>This might be a bit tangent to your question. If you want to just predict secondary structure from RNA sequence, you can try RNAStructure program, which is developed by David Mathew&#39;s lab. Here are the links for the web server and stand alone program download:<br><a href="http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/">http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/</a><br><a href="http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructure.html">http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructure.html</a><br><br></div>Good luck.<br><br></div>Ju<br><div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Nov 28, 2014 at 7:41 PM, Jakub Stanislaw Nowak <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jakub.nowak@ed.ac.uk" target="_blank">jakub.nowak@ed.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hello everyone,<div><br><div>I am trying to model secondary structures of some RNA.</div><div><br></div><div>As I am not an expert in programming it is quite a challenge for me so far I found a way to access RNAfold from biopython via biomanycores.</div><div><br></div><div>I downloaded and installed both biomanycores and RNAfold tools in </div><div>/usr/local/bin/</div><div><br></div><div>and wrote a simple test script in python before loading my dataset</div><div><br></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><blockquote type="cite"><div>from Biomanycores import RNAFold</div><div><br></div><div>RNA = &#39;CUGCAUUGGCCAAAUUGGCCCUACUACGUAUGCUAGCAUGAGAUGUGACAGUACAGUGUACUUAC&#39;</div><div><br></div><div>structure = RNAFold.execute(RNA)</div><div><br></div><div>print(structure)</div></blockquote></blockquote><div><br></div><div> </div><div>Unfortunately it hasn’t work and generated this error message:</div><div><br></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div><blockquote type="cite">Traceback (most recent call last):</blockquote></div><div><blockquote type="cite">  File &quot;/Users/user/Google Drive/Bioinformatics/smallRNAseq/Python secondary structure/RNAFoldtest&quot;, line 9, in &lt;module&gt;</blockquote></div><div><blockquote type="cite">    structure = RNAFold.execute(RNA)</blockquote></div><div><blockquote type="cite">  File &quot;/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Biomanycores-1.1210-py2.7.egg/Biomanycores/RNAFold.py&quot;, line 221, in execute</blockquote></div><div><blockquote type="cite">    handle, delta = rnafold_cmd.run(verbose=verbose)</blockquote></div><div><blockquote type="cite">  File &quot;/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Biomanycores-1.1210-py2.7.egg/Biomanycores/AbstractCommandline.py&quot;, line 141, in run</blockquote></div><div><blockquote type="cite">    stderr=stderr_str)</blockquote></div><div><blockquote type="cite">ApplicationError: Non-zero return code 1 from &#39;/usr/local/bin/RNAfold -f&#39;, message &#39;/usr/local/bin/RNAfold: invalid option -- f&#39;</blockquote></div></blockquote><br><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div><blockquote type="cite">&gt;&gt;&gt; </blockquote></div></blockquote><div><br></div>Do you know any solution for my problem? Alternatively maybe you know of some different approach to analyse secondary structure with biopython?<div><br></div><div>All best,</div><div><br></div><div>Jakub</div></div></div><br>The University of Edinburgh is a charitable body, registered in<br>
Scotland, with registration number SC005336.<br>
<br>_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br></blockquote></div><br></div>