<div dir="ltr">Hi there,<div><br></div><div>The numbering in your PDB file is not continuous and it matches to regions in the structure that are missing residues. Open your PDB structure in Pymol and you&#39;ll see. Alternatively, print the C-N distances (peptide bond) for consecutive residues and you&#39;ll also notice when they are larger than ~3Å it corresponds to your break. <br></div><div><br></div><div>As for your discrepancy between the sequences in the FASTA file and the PDB, that&#39;s just because not all residues are resolved in the crystal structure.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>João</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2014-10-24 13:10 GMT-05:00 Sanjeev Sariya <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:s.sariya_work@ymail.com" target="_blank">s.sariya_work@ymail.com</a>&gt;</span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:HelveticaNeue-Light,Helvetica Neue Light,Helvetica Neue,Helvetica,Arial,Lucida Grande,sans-serif;font-size:16px"><div dir="ltr">Hi All,</div><div dir="ltr">I&#39;m having a hard time using and understanding biopython pdb.</div><div dir="ltr">./read_pdb_file.py 3OE6.pdb</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">I&#39;m attaching python script, pdb file, fasta file and output with mail.</div><div dir="ltr">I&#39;have following doubts:</div><div dir="ltr">- When I print the sequence I get in broken pieces. Why?</div><div dir="ltr">- Also the sequence printed doesn&#39;t match with the fasta file (attached).</div><div dir="ltr">- Am I doing making a silly mistake?</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">I am running script as:<br></div><div dir="ltr">python read_pdb_file.py 3OE6.pdb </div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Kindly help and guide.<br></div><div dir="ltr"><br></div></div></div><br>_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br></blockquote></div><br></div>