<div dir="rtl"><div dir="ltr">Dear list members,</div><div dir="ltr">I&#39;m trying to convert newick formated trees to the nexus format. I&#39;m doing this since I&#39;d like to use the trees as input for a software (BayesTraits V2) which will only accept nexus trees. It also required that the file is in a specific dialect of nexus in which the taxa names are translated to numbers, and the trees themselves only contain these numbers.</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">I tried Bio.Phylo.convert(newick_trees_file,&#39;newick&#39;,nexus_trees_file,&#39;nexus&#39;), but it produces nexus files with the taxa names within the trees. I couldn&#39;t find out a way to control the specific dialect of nexus to be used. Looking into the Bio.Nexus module wasn&#39;t very helpful either.</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Does anybody know of a way to do that?</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Thanks,</div><div dir="ltr">Lior</div></div>