<p>Hi Peter,<br>
Thanks a lot, good to know there is remapper, but not in this case. Have to write my own.<br>
Jim </p>
<div class="gmail_quote">On Aug 19, 2014 5:35 AM, &quot;Peter Cock&quot; &lt;<a href="mailto:p.j.a.cock@googlemail.com">p.j.a.cock@googlemail.com</a>&gt; wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Jim,<br>
<br>
A small mock example might help to explain exactly what you<br>
want to do, but I would probably loop of the two aligned sequences<br>
looking for gaps and thus calculating the mapping (which I would<br>
probably store as a dictionary).<br>
<br>
See also <a href="http://biopython.org/wiki/Coordinate_mapping" target="_blank">http://biopython.org/wiki/Coordinate_mapping</a> - designed<br>
for something slightly different but perhaps relevant?<br>
<br>
Peter<br>
<br>
<br>
On Tue, Aug 19, 2014 at 1:13 AM, Jim Mailman &lt;<a href="mailto:jimmailman1@gmail.com">jimmailman1@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hello everyone,<br>
&gt; I have two sequences A and B with about 90% identity and a few small indels.<br>
&gt; They are about 30kb long. If I align sequences A to B using either BLAST or<br>
&gt; MUSCLE, for every base in A, how can I get the base coordinates of A aligned<br>
&gt; to any given coordinates in B?<br>
&gt; Is there something in Biopython to do this? Are there any existing tools for<br>
&gt; this? I looked at the<br>
&gt; Package Bio :: Package Blast :: Module Record :: Class HSP<br>
&gt;<br>
&gt; If there is no existing tools, is this the best place to get started?<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt;<br>
&gt; Jim<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
&gt; <a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br>
</blockquote></div>