<div dir="ltr"><div>Hello everyone, </div><div>I have two sequences A and B with about 90% identity and a few small indels. They are about 30kb long. If I align sequences A to B using either BLAST or MUSCLE, for every base in A, how can I get the base coordinates of A aligned to any given coordinates in B? </div>
<div>Is there something in Biopython to do this? Are there any existing tools for this? I looked at the </div><div>Package Bio :: Package Blast :: Module Record :: Class HSP</div><div><br></div><div>If there is no existing tools, is this the best place to get started? </div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Jim</div></div>