<div dir="ltr"><div>Hi All,<br><br></div>I would appreciate any help on the following, I have script that that filters read from a FASQ files files are 1.5GB in size. I want to write the filtered read to a new fastq file and this is where I seem to have  bug as the writing of the file newer finishes I have left the script for 4 hours and nothing so I stop the script. This is currently what I have : <br>
<br>from Bio import SeqIO<br>fastq_parser = SeqIO.parse(ls_file,ls_filetype)<br>wanted = (rec for rec in fastq_parser if rec.description in ll_llist )<br>ls_filename = &quot;%s_filered.fastq&quot;%ls_file.split(&quot;.&quot;)[0]<br>
handle = open(ls_filename,&#39;wb&#39;)<br>SeqIO.write(wanted, handle , &quot;fastq&quot;)<br>handle.close()   <br clear="all"><div><div><div><div><br></div><div>Thanks inadvance<br></div><div>-- <br>Regards/Groete/Mit freundlichen Grüßen/recuerdos/meilleures salutations/<br>
distinti saluti/siong/duì yú/привет<br><br>Jurgens de Bruin
</div></div></div></div></div>