<div dir="ltr"><p>Hello <span style="color:rgb(51,51,51);font-family:arial,helvetica,sans-serif">Ismail,</span></p><p dir="ltr">An easy fix for this is to just use the built in function str() on the Seq output. Parsing the fasta file with SeqIO.parse() should generate SeqRecord objects which will have a Seq object stored as the seq attribute. Calling str() on this attribute will give the string that you want.</p>

<p dir="ltr">&gt;&gt;&gt; from Bio import SeqIO<br>
&gt;&gt;&gt; rec_generator = SeqIO.parse(&quot;mylibrary.fasta&quot;, &quot;fasta&quot;)<br>&gt;&gt;&gt; mydict = {<a href="http://rec.id">rec.id</a> : str(rec.seq) for rec in rec_generator}</p><p>This snippet of code should produce what you are looking for. I would consider working with the native biopython SeqRecord though. It is easier to call str() on a Seq object later than it is to reassign meta-data but obviously you should do what suits your needs best. Also, you might look into SeqIO.index() as it will produce an &#39;id : SeqRecord&#39; dictionary directly and with greater memory efficiency for large files.</p>

<p>- Evan</p><p><br></p><p dir="ltr">On Jun 29, 2014 7:36 PM, &quot;Ismail Uddin&quot; &lt;<a href="mailto:ismail.sameeuddin@gmail.com" target="_blank">ismail.sameeuddin@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt; Dear Sir or Madam,<br>


&gt;<br>&gt; I would like to post a question regarding FASTA file parsing using the BioPython module. The current tutorial online indicates how to parse a FASTA file, but the output is in the format Seq(&#39;&lt;&lt;sequence here&gt;&gt;&#39;, SingleLetterAlphabet())<br>


&gt;<br>&gt; I would like to know how one may simply print out the entire sequence without any adjoining text i.e. &#39;ACTACGGCGAT&#39;<br>&gt;<br>&gt; I ask this question, as I am trying to write a script that will read each entry in the FASTA file and produce a dictionary of key being the ID and the val<span style="color:rgb(51,51,51);font-family:arial,helvetica,sans-serif">ue being the raw sequence.</span></p>


<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(51,51,51)">


<div class="gmail_default">


<br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div dir="ltr"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#999999"><div class="gmail_default" style="font-size:small;color:rgb(51,51,51);display:inline">





​Thank you in advance for your help and cooperation,<br></div></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#999999"><div class="gmail_default" style="font-size:small;color:rgb(51,51,51);display:inline">





Ismail Uddin</div></font></div></div></div></div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org" target="_blank">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br></blockquote></div>
</div>