<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I think you would like to use function &quot;tostring()&quot;:</div><div>For example:<br></div><div>contigs = SeqIO.parse(open(sys.argv[1]), &#39;fasta&#39;)<br></div><div>for contig in contigs:</div>
<div>    seq = contig.seq.tostring()</div><div>    print seq</div><div><br></div><div><br></div><div>Regards.</div><div>Ju</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Jun 29, 2014 at 6:43 AM, Ismail Uddin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ismail.sameeuddin@gmail.com" target="_blank">ismail.sameeuddin@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(51,51,51)">
<div class="gmail_default">Dear Sir or Madam,</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">

I would like to post a question regarding FASTA file parsing using the BioPython module. The current tutorial online indicates how to parse a FASTA file, but the output is in the format Seq(&#39;&lt;&lt;sequence here&gt;&gt;&#39;, SingleLetterAlphabet())</div>


<div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">I would like to know how one may simply print out the entire sequence without any adjoining text i.e. &#39;ACTACGGCGAT&#39;</div><div class="gmail_default">

<br>
</div><div class="gmail_default">I ask this question, as I am trying to write a script that will read each entry in the FASTA file and produce a dictionary of key being the ID and the value being the raw sequence.</div><div class="gmail_default">


<br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><div dir="ltr"><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#999999"><div class="gmail_default" style="font-size:small;color:rgb(51,51,51);display:inline">


​Thank you in advance for your help and cooperation,<br></div></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#999999"><div class="gmail_default" style="font-size:small;color:rgb(51,51,51);display:inline">


Ismail Uddin</div></font></div></div></div></div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
Biopython mailing list  -  <a href="mailto:Biopython@mailman.open-bio.org">Biopython@mailman.open-bio.org</a><br>
<a href="http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython" target="_blank">http://mailman.open-bio.org/mailman/listinfo/biopython</a><br></blockquote></div><br></div>